首先，果汁里基本不含水果中的纖維素；

第二，搗碎和壓榨的過程使水果中的某些易氧化的維生素被破壞掉了；

第三，水果中某種營養成分(例如纖維素)的缺失會對整體營養作用產生不利的影響；

第四，在果汁生產的過程中有一些添加物是必然要影響到果汁的營養質量的，像甜味劑、防腐劑、使果汁清亮的凝固劑、防止果汁變色的添加劑等；

第五，加熱的滅菌方法也會使水果的營養成分受損。因此，對于能夠食用新鮮水果的人來說，整個的水果永遠是營養學上最好的選擇。