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判定與很多影響因素有關，一是樣品采集和保存，涉及數量和運輸存儲條件的要求;二是樣品制備，涉及制樣中樣品和指標的代表性、均勻性、穩定性保證;三是檢驗數據結果的準確性;四是判定標準應用的合理性和一些基本原則的應用;五是樣品分類與判定標準的匹配性等。
樣品采集要注意樣品的代表性和均勻性，要注意液體樣品采集的不同位置，盡量保證檢驗樣品和復檢備樣的一致。另外，要熟悉掌握各品種指標規定檢測方法的數量和包裝要求，能滿足檢驗和復檢備樣要求。
必要情況下，還需要采用無菌操作開展采樣。同時，產品有特殊儲存條件要求的，須有相應有效的保障措施，保證能符合產品明示要求或產品實際需要。樣品采集后進入實驗室檢驗，也要保證環境條件滿足樣品明示保存條件，尤其針對微生物項目。
樣品制備作為檢驗的首要關鍵環節，與很多因素有關。為降低因制樣因素導致的判定風險，需要關注以下幾個方面。
檢測方法對制樣的規定
如黃曲霉毒素B1（GB 5009.22）、脫氧雪腐鐮刀菌烯醇（GB 5009.111）、氯霉素（GB/T 18932.19）等檢驗標準對樣品包裝個數、樣品量、樣品預處理等均作了要求。
判定標準對制樣的規定
要注意制樣的取樣部位，尤其注意不同類型指標的差異性，如污染物（GB 2762）和真菌毒素（GB 2761）限量標準要求取樣品的可食用部位；農殘限量標準（GB 2763）規范性附錄A 明確了食品類別及測定部位；獸藥殘留限量標準（GB 31650）在對應化合物指標的限量表中明確了靶組織，如魚中的恩諾沙星靶組織為皮加肉；部分產品標準，如方便面（GB 17400）規定理化指標測面餅，而微生物指標測面餅和調料的混合物
要關注指標本身的穩定性
對于易變化的指標，如酸價、過氧化值、揮發性鹽基氮、農殘、亞硝酸鹽等，應優先制樣檢驗并做好穩定性保存，以避免檢驗結果隨樣品的儲存條件或放置時間而變化。
要注意制樣的代表性和均勻性
制樣時應選擇合適的粉碎設備，盡量保證樣品的均勻性。如，農產品的不同個體或同一個體不同部位的農獸藥殘留有差異；香辛料樣品包裝中不同的香辛料對重金屬的富集有差異等。此外，特別要注意防止制樣中因人員、接觸器具、工具等帶入的污染，如木質菜板的五氯酚酸鈉、油性記號筆的孔雀石綠；制樣人員帶入的污染，如手部涂抹氯霉素軟膏、甲硝唑軟膏直接接觸樣品。
一是方法的合規性，即所采用的方法是否與判定標準的要求匹配。農藥殘留、污染物及真菌毒素等基礎標準均指定了相應的檢驗方法，在用到該基礎標準作符合性判定時，須采用匹配的檢驗方法。
二是方法本身對于檢測結果的影響。對于有多個標準或是標準中有多個方法可選擇時，要注意理解方法原理、方法間的差異，針對不同的樣品基質選擇合適的方法，以確保檢測結果的準確可靠。如，酒類甜蜜素的測定，需采用液相或液質法，是由于氣相色譜法測定時酒中的其他成分會產生干擾，導致假陽性結果。此外，在日常檢驗過程中，機構還應特別注意是否具備方法資質，方法是否及時變更確認等，以避免超資質范圍出具檢驗報告
食品檢驗是痕量分析，受很多因素影響，如基體干擾、基質效應、過程污染、定性準確等系統性問題。
一方面食品檢驗過程質量控制方式的設計和結果的評價尤其重要，涉及空白（全試劑空白、樣品空白等）、關鍵點加標回收、陽性樣品、陰性樣品、在線監控抗污染和分析系統穩定性等方式。過程質量控制需采取有效針對性方式，一般建議元素類可采取有證標準物質；食品添加劑及農藥殘留類可采取加標方式；獸藥殘留尤其存在結合型情況下，建議采用真實陽性樣品或實驗室間進行比對開展監控。
另一方面是對檢驗結果的客觀評估，特別關注可能的基質干擾問題。實際檢驗中發現，醬腌菜中三氯蔗糖、蜜餞中山梨酸、飲料中展青霉素、菜籽油中的 TBHQ 可能存在干擾，首選需要識別出干擾，可通過更換不同方法或前處理、更換色譜柱或調整流動相比例、采用質譜手段進一步確認。批量性檢出或是結果異常時，需對試劑試藥、儀器設備、器具耗材及操作過程等逐一排查。要重視結果的重現性及平行性。重現性及平行性能提示檢驗存在問題，如前處理過程是否恰當（提取、衍生是否充分，洗脫是否完全等）、樣品是否均勻、基質是否有干擾等。
食品標準體系復雜，標準應用要充分了解標準的基本應用原則。
首先是標準的時效性
需要理清標準發布實施日期與樣品生產日期的邏輯關系、不同標準的時效性差異等。
二是標準的執行效力
理清強制標準與推薦性標準、基礎標準與產品標準/地方標準/企業標準的優先級及執行條件。
三是標準的適用范圍
只有適用范圍內的樣品才可用此標準判定，如 GB2712-2014《食品安全國家標準 豆制品》只適用于預包裝豆制品，不適用于大豆蛋白粉。
此外，還要關注標準間的銜接整合
如基礎標準對推薦性標準和產品標準進行了整合，發布/實施日期在基礎標準之前的推薦性標準和產品標準，其規定與基礎標準不一致時，應以基礎標準為準。
如速凍面米制品產品標準（GB 19295-2011）對預包裝的生制速凍面米制品設置了致病菌限量，而致病菌基礎標準（GB 29921-2013）未作規定，兩者不一致。但由于速凍面米制品產品標準的發布實施日期在基礎標準之前，因此，要以基礎標準為準，無需對生制速凍面米致病菌進行檢驗和判定。
