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因微生物及其毒素、病毒、寄生蟲及其蟲卵等對食品的污染造成的食品質量安全問題為食品的生物性污染。這里所說的微生物及其毒素，主要是細菌及細菌毒素、霉菌及霉菌毒素等。
細菌對食品的污染通過以下幾種途徑：一是對食品原料的污染：食品原料品種多、來源廣，細菌污染的程度因不同的品種和來源而異；二是對食品加工過程中的污染；三是在食品貯存、運輸、銷售中對食品造成的污染。食品的細菌污染指標主要有菌落總數、大腸菌群、致病菌等幾種。常見的易污染食品的細菌有假單胞菌、微球菌和葡萄球菌、芽胞桿菌與芽胞梭菌、腸桿菌、弧菌和黃桿菌、嗜鹽桿菌、乳桿菌等。
霉菌及其產生的毒素對食品的污染多見于南方多雨地區，目前以知的霉菌毒素約有200余種，不同的霉菌其產毒能力不同，毒素的毒性也不同。與食品的關系較為密切的霉菌毒素有黃曲霉毒素、赭曲毒素、雜色曲毒素、島青霉素、黃天精、桔青霉素、層青霉素、單端孢霉素類、丁烯酸內酯等。霉菌和霉菌毒素污染食品后，引起的危害主要有兩個方面；即霉菌引起的食品變質和霉菌產生的毒素引起人類的中毒。霉菌污染食品可使食品的食用價值降低，甚至完全不能食用，造成巨大的經濟損失。據統計全世界每年平均有2%的谷物由于霉變不能食用。霉菌毒素引起的中毒大多通過被霉菌污染的糧食、油料作物以及發酵食品等引起，而且霉菌中毒往往表現為明顯的地方性和季節性。
影響霉菌生長繁殖及產毒的因素是很多的，與食品關系密切的有水份、溫度、基質、通風等條件，為此，控制這些條件，可以減少霉菌和毒素對食品造成的危害。
食品的生物性污染包括微生物、寄生蟲、昆蟲及病毒的污染。微生物污染主要有細菌與細菌毒素、霉菌與霉菌毒素。出現在食品中的細菌除包括可引起食物中毒、人畜共患傳染病等的致病菌外，還包括能引起食品腐敗變質并可作為食品受到污染標志的非致病菌。寄生蟲和蟲卵主要是通過病人、病畜的糞便間接通過水體或土壤污染食品或直接污染食品。昆蟲污染主要包括糧食中的甲蟲、螨類、蛾類以及動物食品和發酵食品中的蠅、蛆等。病毒污染主要包括肝炎病毒、脊髓灰質炎病毒和口蹄疫病毒，其它病毒不易在食品上繁殖。
細菌對食品的污染通過以下幾種途徑：
一是對食品原料的污染：食品原料品種多、來源廣，細菌污染的程度因不同的品種和來源而異。因此食品生產企業應對原料的品質進行把關，杜絕以被微生物污染的原料進行加工。
二是對食品加工過程的污染。食品生產企業應根據所生產食品的品種而從工廠的選址、車間和工藝流程的設計就要考慮食品加工過程的污染問題，在日常衛生管理時應對生產環境、人員衛生、生產設備的清洗消毒等環節盡量減少食品生物性污染的可能性。不同的產品對加工過程的要求也不同，殺菌后包裝的產品對加工過程的要求較高（如飲用水），包裝后殺菌或非即食產品對加工過程的要求就低（如罐頭、大米等）。
三是在食品貯存、運輸、銷售中對食品造成的污染。
食品的細菌污染指標主要有菌落總數、大腸菌群、致病菌等幾種。
霉菌及其產生的毒素對食品的污染多見于南方多雨地區，目前己知的霉菌毒素約有200多種，不同的霉菌其產毒能力不同，毒素的毒性作用也不同。其中毒性最強的就是黃曲霉毒素B1，其存在常見的食品有糧食、油料作物（如花生、玉米）等。霉菌及其毒素污染食品后，引起的危害主要有二個方面，即霉菌引起的食品變質和霉菌產生的毒素引起人類中毒。影響霉菌生長繁殖及產毒的因素是很多的，與食品關系密切的有水分、溫度、基質、通風等條件，為此，控制這些條件，可以減少霉菌和毒素對食品造成的危害。
微生物其實不可怕，可怕的是微生物代謝產生的毒素