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1.容易引發缺鐵性貧血。植物食品只含非亞鐵血紅素的鐵，不如肉食中亞鐵血紅素的鐵好吸收。人體對來自植物食品鐵的吸收情況較差，所以雖然素食的含鐵量比葷食高，但素食者體內鐵的存量卻較低。
2.容易缺乏維生素B12，后者是造血過程和神經系統所必須的。維生素B12幾乎只存在于動物性食品中，螺旋藻類、海生植物、大豆發酵食品和日本豆面醬所提供的維生素B12是缺乏活性的，而不是有活性的。因此，素食者應該使用維生素B12補充劑。
3.容易缺鈣，不利于骨骼健康。奶蛋素食者的鈣的攝入量與非素食者相當或比他們高。但完全素食者的鈣攝入量則比奶蛋素食者和雜食者都要低。因此，完全素食者應該適當補鈣。
4.容易缺鋅，影響免疫功能和**等。素食者鋅的攝入量比非素食者低。由于植物鋅的生物利用率低，又由于鋅水平變化的邊際效果還不清楚，所以素食者應該努力達到或超過鋅的推薦食入量
5.攝入蛋白質的質量比較低。素食者完全可以通過植物獲得與非素食者一樣多的蛋白質，但是植物蛋白的質量比動物蛋白要差一些，賴氨酸等必須氨基酸要少些。不過，只要注意選擇大豆制品和堅果類富含蛋白質質量較好的食物，一般在吃素的同時不需要另外補充蛋白。
6.熱量低。長期素食，由于蛋白質與脂肪嚴重不足，容易引發營養不良。安徽醫科大學對九華山一些寺廟中的90多名僧尼檢查發現，多數人存在著不同程度的營養不良。長期吃素的婦女所生的孩子往往存在生長發育障礙。蛋白質是建造和修補人體組織的主要原料，長期缺乏則對機體的抗病能力影響極大；脂肪產熱量高，不飽和脂肪酸更是"人腦的食糧"，對促進大腦智力發展極為重要。所以長期素食對生長發育迅速的青少年危害更甚。經常吃素的少女往往月經來潮推遲，吃素的女運動員容易發生繼發性閉經。
7.素食還容易引起微量元素和維生素缺乏癥。人體必需的元素如鋅、鈣、鐵等主要來自葷食。素食中鋅、鈣、鐵含量少，且含有較多的植酸和草酸，反而會阻礙鋅、鈣和鐵等元素的吸收。根據我國國情，選擇葷素結合的飲食結構為宜。對于肥胖癥、糖尿病、心血管疾病者，可適當多吃點素食，而對于生長發育期的兒童及營養不良、微量元素缺乏者，不妨多吃點葷食。