糞便觀察是技術人員日常工作必不可少的內容，通過對糞便的觀察可評判奶牛健康狀況、發現營養問題，并給營養調整、疾病防控提供決策依據。

奶牛發生瘤胃酸中毒時，其糞便會發生變化。同群奶牛糞便變異較大（便秘與腹瀉交替），有的含有黏性蛋白管形物，有的糞便中的纖維長度增加，還有的糞便中有明顯未消化的纖維和飼料，飼料利用率降低。奶牛產奶量減少，其乳脂率降低，脂肪蛋白比倒掛。原因是給奶牛飼喂了大量谷物和非纖維性碳水化合物。改進措施：降低日糧中精料的比例，添加小蘇打等緩沖劑，增加優質粗料的供應，提高粗飼料的顆粒度，降低脂肪的添加比例等。

奶牛采食過多的的瘤胃降解蛋白，因為需要消耗更多的水分通過糞便排除過多氮，從而會排出稀松的糞便。

熱應激也是引起奶牛糞便異常的一個原因。由于發生熱應激，奶牛對粗飼料的采食量和消化率下降，相應地多采食精飼料，使得奶牛易產生瘤胃酸中毒。即便是在日糧中含有足量纖維的情況下，由于奶牛挑食，減少了瘤胃反芻，也將導致瘤胃pH值下降而發生瘤胃酸中毒。此時，不能過多添加精料，應多添加優質粗料和可口的飼料品種，同時提供清涼干凈的飲水，對牛舍的降溫和降低飼養密度等都是有效的。此階段也是奶牛肢蹄病的高發期，由于肢蹄疼痛，嚴重影響采食，導致體質下降。改進措施：提高飼料的能量水平，添加有機鋅、銅、錳、鉻和生物素等，減少應激，提高奶牛對飼料的利用率。

奶牛吃了被霉菌污染的飼料后，容易發生腹瀉，有時糞中帶血，呈黑色，懷孕牛易流產，甚至死亡。而奶牛發生真菌病時，生產力下降，采食量減少，間斷性腹瀉（有時伴有血或黑色的糞便），不育，皮毛粗糙，降低繁殖性能，其中包括不規則發情和胚胎死亡，同時發生胎衣不下、酮病、真胃扭轉、乳房炎、子宮炎和脂肪肝等疾病，且難以治療。低質量的青貯飼料會使不耐酸病原菌李氏桿菌增殖，并長期存在，也能引起奶牛流產和腹瀉。因此，如發現有奶牛糞便異常，排除瘤胃酸中毒和熱應激后，就要考慮是飼料受霉菌和真菌等的污染。此時，要盡快將飼料送檢，并更換飼料，如發現有污染，要全部銷毀已污染飼料。在保存飼料時，也要注意保存的環境條件。飼料在青貯時，要注意其水分含量，并壓實，防止霉變。

如果我們看到奶牛糞便中含有大量未消化的谷物和長粗飼料（長于1.27厘米），那就說明瘤胃發酵功能有問題：一是胃流速度加快，造成較多的后腸發酵和大腸發酵。相對于瘤胃發酵，后腸發酵效果和價值較低，這是因為后腸對營養物質的吸收率較低。胃流速度加快的原因可能是有效纖維采食不夠，沒能有效刺激瘤胃反芻和保持正常的瘤胃pH值所致，可以通過增加日糧有效纖維的用量或同時增加有效纖維的長度來調理。二是日糧缺乏可降解蛋白或一些特殊的可溶解蛋白，影響瘤胃微生物的增殖和功能。三是日糧中含太多的瘤胃慢速降解淀粉，瘤胃微生物需要合理比例的快速降解纖維、糖及慢速降解纖維，通常可以通過用快速降解纖維及糖來代替慢速降解纖維以減少糞便中的可見谷物。在日糧中添加2%～4%的糖及3%～6%的快速降解淀粉可以有效改變糞便的狀態。奶牛糞便狀態與可能因素見下表。