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在防治畜禽傳染病中，合理使用消毒藥是很重要的，針對不同的消毒物體，應選擇理想的消毒藥物。理想的消毒藥應是殺菌性能好，作用迅速，對人畜無損害，性質穩定，可溶于水，無易燃性和爆炸性，價格低廉。但是，現有的消毒藥都存在一定的缺點，還沒有—種消毒藥是完全理想的。也就是說，還沒有一種消毒藥在任何條件下能夠殺死所有的病原微生物。消毒藥的作用受許多因素的影響而增強或減弱。在實際工作中，為了充分發揮消毒藥的效力，對這些因素應該很好地了解和應用。
微生物的敏感性
不同的病原微生物，對消毒藥的敏感性有很明顯的不同。例如病毒對堿和甲醛很敏感，而對酚類的抵抗力卻很大。大多數的消毒藥對細菌有作用，但對細菌的芽胞和病毒作用很小。因此，在消毒時應根據病原的特點選用消毒藥。
環境中有機物質的影響
當環境中存在大量的有機物如畜禽的糞、尿、血、炎性滲出物等時，能阻礙消毒藥直接與病原微生物接觸，而影響消毒藥效力的發揮。另一方面，由于這些有機物往往能中和、吸附部分藥物，也使消毒作用減弱。因此，在消毒藥物使用前，應進行充分的機械性清掃，清除消毒物品表面的有機物，使消毒藥能充分發揮作用。
消毒藥的濃度
一般說來，消毒藥的濃度愈高，殺菌力也就越強，但隨著藥物濃度的增高，對活組織的毒性也就相應地增大了。另一方面，當濃度達到—定程度后，消毒藥的效力就不再增高。因此，在使用中應選擇有效和安全的殺菌濃度。例如70％的酒精殺菌效果要比95％的酒精好。
消毒藥的溫度
消毒藥的殺菌力與溫度成正比，溫度增高，殺菌力增強，因而夏季消毒作用比冬季要強。
藥物作用的時間
一般情況下，消毒藥的效力與作用時間成正比，與病原微生物接觸的時間越長，其消毒效果就越好。作用時間若太短，往往達不到消毒的目的。
