土壤有機質含有的營養元素種類多，能均衡長久地供給果樹生長發育所必需的全部營養元素，防治缺素癥。有機質能促進土壤團粒結構的形成，增加土壤透氣性，提高土壤的保肥保水能力和緩沖性能，減少元素的固定。有機質的有效養分釋放慢，有利于果樹根系的吸收，對環境造成的污染少。國家無公害蘋果技術規程要求，果園土壤有機質含量要在1.5%以上，最好達到5%～8%。土壤有機質缺乏是果樹產量低、品質差、抗逆性差的主要原因。改良土壤有機質無非以下幾種：

1、果園覆草：果園內覆草，腐爛后翻入土中是增加土壤有機質的最主要方法之一。每畝需施入干有機物4500斤以上，果園0～30厘米土層內的有機質含量才能提高1%。。果園覆草的時間以冬春季為宜，即利用農閑時間將草搬到果園內覆蓋。為加速草的腐爛，可在草中撒少量尿素，一般每1000千克干草撒25千克尿素。

2、果園內種植綠肥或生草：郁閉度較小的果園，可在果園內種植紹子、苜蓿、三葉草、大豆等綠肥或生草，適時割刈覆蓋。種植綠肥時，要留出足夠的樹盤，防止綠肥影響果樹生長發育。一年生的果樹，樹盤應不少于1米的直徑；兩年生以上的樹，樹盤應比樹冠再大出30厘米。對種植的綠肥要適量的追肥，以促進生長，增加產量。

3、果樹落葉歸根：果樹落葉中含有大量的病蟲源，不能直接覆蓋在樹下。可將枯枝落葉清園，集中起來，制成堆肥，經高溫堆腐殺菌后，再施用到果園中。

4、施用有機家畜糞：有機肥料包括家畜糞尿、禽糞、餅肥、魚肥、廄肥、堆肥、漚肥、沼氣池肥、人糞尿、泥炭等農家肥料。有機肥料的施用量，最好是1千克果2千克肥，肥源充足可多施。

5、施用商品有機肥料：商品有機肥料除含有有機質外，還含有大量的速效營養成分。除了作基肥宜可作追肥施用。和尿素混用效果最好，可有效提高氮肥利用率，激活土壤中的其他元素。有機肥料中含的主要成分是有機質和腐殖質，有機質的分解是一個緩慢長久的過程。因此，有機肥完全沒有必要限時施用，秋冬春季皆可施用，要根據工作安排，及早施入。