通過整形修剪可使扁桃樹體生長旺盛、健壯，結果枝在樹體中分布均勻，從而達到穩產高產的目的。在修剪過程中，應每年短截更新1/5的結果枝，因為扁桃的短果枝經過5年才能形成。選擇1-3.5厘米粗的枝條短截，以促新梢生長，然后培養成結果枝。對位置適當的萌蘗枝，也可以培養為結果枝。采收后修剪不會降低樹體的營養水平和次年產量。故修剪可從果實采收后開始。

扁桃的樹形一般采用自然圓頭形、分層形、杯狀形、開心形等，但采用最多的是三主枝開心形。

一、幼樹修剪。定植后從距地面80厘米左右處剪截定干。在苗圃中生長旺盛的苗木有很多有小分枝，定干時如果有分枝位于適合主枝的位置，可留1-2個芽短截，培養成主枝。位置不當時要全部剪去。

在第1年的生長季要進行夏季修剪，以促使樹體生長、節省營養物質。具體做法是當新梢長到8-10厘米時選定主枝，其余新梢留幾片葉摘心，4-6周后再檢查1遍，把多余的及位置不當的枝去掉。若夏季修剪做得好，冬季選擇主枝時就容易。通常選留3個主枝，這3個主枝要均勻分布，距離15-20厘米。

扁桃生長勢強，分枝力也強，一般情況下主枝延長枝不短截。但由于風的作用，樹體不平衡時要短截。小枝不剪以利早結果。

第2年夏季修剪時剪除多余的枝條（如根蘗和低位的新梢等）。冬季修剪時選好主枝，培養側枝和結果枝，主枝長到80-100厘米時培養側枝，促使樹體長大，早結果，但不要修剪過重。

二、結果樹修剪。扁桃多數品種以極短果枝結果為主，短枝的結果能力一般維持5-7年，所以每年要有計劃地更新12-20%的結果枝。短截一些長勢弱的枝條，以促使盡快生長。結果樹要適度短截，以使樹體抽生新梢，培養新的結果短枝，以取代結果能力差的短枝。因此，要及時短截直徑1-3.5厘米粗的老枝。只有每年進行短截和疏枝，才能保持一定量的結果枝和產量。

修剪是否得當可根據生長量判斷。通常情況下，10-12年生的樹年新梢生長量為15-30厘米。

對生長季萌發的大量萌蘗枝，要根據位置和稀密處理，無用者盡早疏除。對位置適合、將來有可能代骨干枝者保留培養。
 
    三、老樹修剪。對于衰老的扁桃樹，可通過重截骨干枝和增施氮肥來促進樹體生長。短截（回縮）側枝的同時，疏除小而弱的枝條。但重截后第2年會產生很多萌蘗，需疏掉過密枝條。用保留的萌蘗枝代替老而無產量的枝，建立新的樹冠。