1.搞好環境衛生。制種和操作人員必須建立起正常的清潔衛生管理制度，不斷清除污染物并加以藥劑消毒，菇房、用具以及室內的一切設備，要經常清洗和消毒，進菇房注意鞋底以及衣著整潔，最好能及時更換。　　　

2.消毒方式的選擇。優先采用高壓蒸汽滅菌法、常壓間歇滅菌法、巴氏滅菌法以及紫外線燈滅菌法等物理手段消毒，化學消毒優先使用堿類、酚類藥物，避免使用重金屬鹽類等消毒劑。　　　　

3.處理好原料。雙孢菇培養料一定要避免受潮霉變或滋生害蟲木屑、麥草、牛馬糞等的堆積，下面要墊塑料薄膜或由毛氈防潮，上面要遮蓋好防雨淋或雜物落入。雞糞、牛馬糞、米糠、麩皮、餅料等易生霉菌，應密封儲藏。培養料要經過高溫消毒或發酵腐熟，堅持搞好二次發酵。覆土材料必須經蒸汽或福爾馬林消毒。　　　

4.調整水量和酸堿度。水分要適當，酸堿度要適宜，并隨時檢測調整。菇房要隨時保持良好通風，空氣相對濕度不宜超過95%。　　　　

5.妥善保管培養基。出鍋的料瓶或滅菌過的培養基應加以保護，防止二次污染，要加蓋紗布或薄膜，入箱熏蒸還要用新潔爾滅等藥水擦洗，防止塵埃污染。　　　　

6.嚴格執行操作規程。接種工作技術性強，一定要耐心細致，切記碰擦粘帶。對一切用具以及容器，能洗的要洗干凈，能熏蒸的要熏蒸，能擦酒精的要擦酒精，能用酒精燈火焰燒的用火焰燒。　　　　

7.采用人工物理方法防治病蟲害。如用黑光燈誘殺蚊蠅等，培養料充分發酵殺死線蟲和癭蚊，除去腐變的部位，用石灰水消毒。改善環境，調整溫度（如降低溫度可以防止胡桃肉狀菌）、濕度（如降低濕度防止鏈孢霉菌）pH值（如降低PH值可以防止白霉菌等）。　　　　

8.嚴禁使用有巨毒的農藥。不使用有機汞制劑或有機磷制劑以及殘存時間長，又不易分解的農藥，優先使用植物性殺蟲劑，如除蟲菊、魚藤、煙草浸出液以及微生物殺蟲劑（如蘇云桿菌和白僵菌）等。