在使用南瓜嫁接之前，黃瓜枯萎病、黃萎病等經常發生，黃瓜死棵非常嚴重。為了解決黃瓜死棵問題，棚室黃瓜采用了嫁接技術，嫁接砧木為黑子南瓜和白子南瓜。但經過幾年的發展，嫁接黃瓜死棵的問題也逐漸增多，根部病害種類也發生了一些變化。

一、疫霉根腐病

疫霉根腐病由卵菌引起，近年來經常發生。發病時，黃瓜頂部莖葉萎蔫，進而全株萎蔫；拔出病株可見細根腐爛，粗根褐變；剖開病根莖，可見從根莖部向上有一段維管束發生褐變。莖基部發病初出現水浸狀斑，后縊縮。發病時可用72%霜脲錳鋅（克露）600倍液、72.2%霜霉威（普力克）600倍液、58%甲霜靈錳鋅600倍液、69%安克錳鋅600倍液等灌根或全面噴灑（包括地面），效果較好。

二、細菌性病害

細菌性病害如軟腐病、青枯病等也可以引起黃瓜死棵。

軟腐病產生軟腐癥狀，并有腥臭味。嫁接黃瓜青枯病發病較快，一般發病后黃瓜植株中午萎蔫得厲害，早晨、傍晚可以恢復，呈缺水狀。反復幾天后，植株死亡，葉片青干且不易脫落。根莖外表癥狀不明顯，但病莖維管束變為褐色。橫切病莖、根，可發現白色菌膿。

細菌性病害可用47%加瑞農600倍液、50%琥膠肥酸銅（DT）500倍液、14%絡氨銅300倍液等銅制劑混加鏈霉素等配合灌根防治。

三、腐皮鐮孢根腐病和擬莖點霉根腐病

腐皮鐮孢根腐病主要危害部位是黃瓜的根和根莖 (地表以下的莖)。病部初呈水浸狀，后變淺褐色至深褐色腐爛。病部縊縮不明顯或稍縊縮，病部腐爛處的維管束變褐，皮層腐爛變厚，但不向上部發展，有別于枯萎病。

擬莖點霉根腐病在黑子南瓜上易發生，白子南瓜則抗此病。發病初期砧木細根變褐腐爛，主根變淺褐色至褐色，嚴重時根部全部變成淺褐色至褐色，然后細根基部發生不規則縱裂，在縱裂中間產生灰白色的黑帶狀菌絲，根皮可見密生的小黑點。

防治該類病害可用35%福·甲 （立枯凈）900倍液、60%氟嗎啉·錳鋅800倍液等灌根。

四、生理性病害

生理性病害包括鹽害、水害、肥害等造成的傷根也可導致黃瓜死棵。長時間的陰雨天氣等會加重生理性病害的發生。生理性病害要靠平時預防。發生時用強力生根劑1000倍液配合愛多收6000倍液加快根系恢復。

近年來高發的病害。植株一旦表現出外部癥狀，多已“病入膏肓”，很難恢復，最好將其拔除并清理干凈。發病后，關注的重點應該是那些離發病植株較近但尚未表現出發病癥狀的植株，通過灌根防止病害蔓延。