根據田間實際狀況對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。

根據土壤墑情施用。菌肥的最佳溫度是25℃~27℃，低于5℃、高于45℃，施用效果較差。同時還應掌握固氮菌適宜的土壤濕度為60%左右，即見干見濕的土壤濕度最為適宜。

不能和其他農藥混用。為防止活菌致死注意千萬不要與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫化肥，如硫酸鉀等以及稻草灰混合用，因為這些藥、肥很容易殺死生物菌。在施用時，若施菌肥與防病蟲、除草相矛盾時，可先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。同時還應防止與未腐熟的農家肥混用，因為農家肥在腐熟的過程中會發酵，這樣會直接殺死生物菌。

與化肥混用要注意化肥用量不能過大。高濃度的化學物質對菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能與碳酸氫銨等堿性肥料和硝酸鈉等生理堿性肥料混用。

因量制宜。對于多年來用化肥的田塊施用了生物菌肥不能大量減施化肥和有機肥，因農作物對化肥產生了依賴性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子適應，因此，其取代理應做到第一、二、三年分別取代30%、40%和60%。磷、鉀肥只能補足，不能減少。

因時制宜。生物菌肥不是速效肥，所以，要在作物的營養臨界期和大量吸收期前7~10天施用效果最佳。

不同種類的菌肥也不宜混用。目前，市場上的菌肥種類很多，其所含的活性菌不同，它們之間是否有相互抵制作用還不是很清楚，若相互抵制，則會降低肥效。