春季栽培銀耳易受綠霉菌危害，也有部分根霉、毛霉和少數鏈孢霉污染。綠霉、毛霉、根霉常發生在菌袋接種穴旁，或接種后9～10天兩穴菌圈接頭時，在菌絲前端出現，也有在袋壁出現。綠綠霉也發生在子實體上，使耳片霉爛。鏈孢霉多發生在袋口扎縫處。造成雜菌污染的主要原因是料袋滅菌不徹底，無菌操作不嚴格，袋膜破孔，菌種不純或環境污染等。

防治方法：（1）凈化菇房環境。經常清理環境衛生，并撒石灰粉消毒。培育前菇房嚴格消毒殺菌，杜絕污染源。（2）精選原輔料。棉籽殼、麥麩要求無結塊、無霉爛變質，并置于烈日曝曬殺菌。栽培袋事前檢測質量。（3）規范菌袋生產。培養料含水量不能超過60%，裝袋上灶時限不能超過6小時，防止料變酸。滅菌要求保持100℃24小時，中途不降溫。（4）堅持無菌操作。接種室徹底消毒滅菌。選用合格消毒劑，噴灑空間、架床和場地。（5）精選菌種。春季培育銀耳菌種要求香灰菌絲強些，避免接種后遇低溫退灰，影響長耳。（6）污染袋處理。受雜菌危害的污染袋應區別處理。輕度污染的采取套袋扎口的方法，控制蔓延，再滅菌接種。污染嚴重的破袋取料，加1%～2%石灰水拌勻，堆悶24小時攤曬，下次再利用。子實體被綠霉污染，應提前采收，并用pH值為8的石灰水澄清液涂擦耳基，控制蔓延。