番茄屬喜溫蔬菜，冬季保護地育苗因氣溫低、溫度變化大、濕度大、通風不良等因素導致病害發生較多，應注意防治。

猝倒病  主要在子葉期出現，幼苗莖基部縊縮成細線狀，突然倒伏，嚴重時成片死亡。濕度大時，病苗或病苗附近的地面長出白色絮狀物。

立枯病  剛出土的幼苗和大苗均能受害，幼苗基部變褐色。發病初期病苗晴天萎蔫，夜晚恢復，病斑擴展后萎縮干枯，整株死亡，病部出現淡褐色蜘蛛網狀霉層，無明顯的白色絮狀物，可與猝倒病區分開來。

漚根  幼苗根部褐色腐爛，不發生新根，地上部葉色較淡或萎蔫，生長緩慢，病苗易拔起。

防治番茄苗期病害，應加強苗床管理，減少有利于病害發生的環境條件出現，同時輔以藥劑防治。播種前用種子重量0.3%~0.4%的50%多菌靈可濕性粉劑或35%甲霜靈拌種劑拌種。幼苗出土后發生猝倒病，應立即拔出病株，并用50%多菌靈可濕性粉劑800~1000倍液，或92%惡霉靈可濕性粉劑3000倍液，或25%甲霜靈可濕性粉劑800倍液噴霧防治。在幼苗行間耙松土壤后撒施干草木灰，也有一定的控病效果。防治立枯病，可以用50%多菌靈可濕性粉劑800~1000倍液，或70%代森鋅可濕性粉劑500~600倍液，或75%百菌清可濕性粉劑600~800倍液噴霧。發現有漚根現象，應降低苗床濕度，提高地溫，育苗后期加強放風煉苗。