在香菇生產過程中，常受到雜菌危害，生產上應注意防治雜菌。

木霉 又稱為綠霉菌。木霉侵害香菇培養基時，初為白色棉絮狀，后期變成綠色。菌種如果被木霉危害，必須報廢。對木霉至今沒有理想的防治藥物，創造適合香菇菌絲生長而不利于木霉繁殖的生態環境，是控制危害的根本措施。一旦發生木霉危害，立即通風降濕，以抑制木霉菌的擴展。處于發菌階段的培養料感染霉菌后，可以采用注射藥液的方法抑制木霉擴張，常用的藥液有5%石碳酸溶液、2%甲醛溶液、50%多菌靈200倍液、ph值為10的石灰水等。往污染處撒生石灰，防治效果也較好。

鏈孢霉 生長初期呈絨毛狀，白色或灰色，生長后期呈粉紅色或黃色。主要以分生孢子傳播危害。在香菇發菌階段溫度控制在20℃以下，鏈孢霉生長緩慢，可以減少污染。同時，控制發菌場所的濕度，可以有效防止鏈孢霉發生。菌袋生產時發現有鏈孢霉污染，在分生孢子團上滴柴油，可以防止鏈孢霉擴散。菌袋發菌后期受害，不要輕易報廢，可以將受害菌袋埋入深30-40厘米透氣性差的土壤中，經10-20天缺氧處理后，可以有效減輕雜菌危害，仍可以出菇。藥劑防治方法參照木霉。

毛霉 又叫黑霉、長毛霉，菌絲初期呈白色，后期呈灰白色至黑色，在溫度高、濕度大、通風不良的條件下發生率高。毛霉在香菇菌絲體培養期間侵染時，蔓延速度快，數日內便能布滿基質。發生的主要原因是基質中使用了霉變的原料，接種環境含毛霉孢子多，在悶濕環境中進行菌絲培養等。防治方法同木霉。