根據蓮藕對水位的適應性可分為淺水藕和深水藕兩種生態類型。淺水藕適合水位10～20厘米，最大耐水深度30～50厘米。深水藕適合水位30～50厘米，最大耐水深度1～1.2米。

淺水藕水層管理總的原則是：前淺、中深、后淺。在栽藕后到立葉出現時的萌芽生長期，應保持淺水，以提高土溫，促進發芽。一般是以保持4～7厘米深的水層為好，隨著立葉的出現，蓮藕莖葉生長逐漸轉旺，水層要逐漸升高到12～15厘米。當終止葉出現后，表明開始結藕，水層要逐漸降低到4～7厘米，促進結藕。深水藕的水位不易調節，主要是防止汛期受澇，特別是立葉淹沒后，應在8小時內緊急排水，使荷葉露出水面，以防淹死。

在蓮藕生長過程中，尤其是淺水藕生長前期，水田內眼子草、牛毛氈、矮慈菇、三棱草、四葉萍等雜草較多，生長較快，影響蓮藕生長，應及時除草。以前常采用人工中耕除草，工作量大，并且容易踩傷蓮藕地下莖芽。如果采用化學除草，省工、省力，并且對蓮藕無傷害。

近年來，通過試驗摸索出了一些藕田化學除草安全有效的方法，正在生產中推廣。

⑴選用50%威羅生乳油，在蓮藕立葉高出水面30厘米時，取藥100毫升，先拌5公斤尿素，再加5公斤細土，充分拌勻后，于露水已干時撒入田中。施藥時，藕田保持水深7～10厘米，施藥后保持水層一周以上，效果良好，藥效期可達1個月以上。

⑵選用12.5%蓋草能或者35%精穩殺得40毫升，加水40～50公斤，充分拌勻后，當露水干時對雜草葉面噴灑，經過4天，對殺死3～4葉期禾本科雜草效果顯著。

蓮藕在生長發育過程中所需要的營養物質，一方面來自蓮葉的光合作用；另一方面來自于土壤，而土壤中原有的肥料有限，隨著植株的生長發育會愈來愈少，盡管魚的糞便和殘餌可為藕提供一定量的養分，但與藕的生長需求相比是很少的，因此必須及時追肥。

蓮藕生育期長，一般追肥2～3次。第一次在立葉開始出現時進行，中耕除草后，每畝施入人糞尿肥750～1000公斤；第二次追肥在立葉已有5～6片時進行，每畝施入人糞尿肥1000公斤左右。第三次追肥在終止葉出現時進行，這時結藕開始，稱為追藕肥。每畝施人糞尿肥1500公斤、餅肥30～50公斤。

施肥應選擇晴朗無風天氣，避免在炎熱的中午進行。每次施肥前放掉田水，以便肥料吸入水中，然后再灌水至原來的深度。在深水藕田中，肥料易流失，不能直接施用液體肥料，應采取固施肥料方法，即重施廄肥，并埋入泥中。追肥用化肥時，首先將化肥與河泥充分混合，做成肥泥團，再施入藕田。