辣椒苗期易受多種病原菌的復合侵染，發生多種病害。主要有立枯病、猝倒病、灰霉病、菌核病、疫病等。如不提早防治，輕則形成病弱苗，重則造成苗床毀滅。

一、主要癥狀。辣椒苗期病害主要表現幼苗根部和莖基部發病，多為接近地面的幼莖基部最先發病，初為水浸狀或產生橢圓形褐色病斑，可繞莖一周，潮濕時，病斑上出現褐色菌絲體，以后形成菌核，根部腐爛。植株表現為立枯或猝倒。葉部發病，表現為幼苗葉片產生水浸狀、暗褐色病斑、腐爛、落葉等。葉部病害主要有灰葉斑病、瘡痂病、炭疽病、褐斑病等。

二、防治措施。要提早動手，預防為主，綜合防治。

1、選用抗病品種：根據各地實際選用抗病性強、豐產性好的品種。播前做好種子消毒工作，殺滅種子表面附著的病菌。

2、苗床選址：苗床要選擇地勢高燥、背風向陽、便于排水、土質疏松肥沃且三年以上未種過蔬菜的無病地塊做苗床。配制營養土所用的農家肥必須經過充分腐熟。

3、土壤處理：苗床土壤必須進行藥劑殺菌處理，常用處理的方法是施用藥土。藥土的配制方法：⑴多菌靈藥土。用50%多菌靈可濕性粉劑按每平方米苗床8-10克，加適量細土，混合均勻制成；⑵甲多藥土。按每平方米苗床用25%甲霜靈可濕性粉劑6克和50%多菌靈可濕性粉劑5克，配制成藥土；⑶五福藥土。按每平方米苗床用70%五氯硝基苯粉劑5克和50%福美雙可濕性粉劑4克，配制成藥土。藥土一般每平方米需用10-15千克，可用“下墊上蓋”的方法，即取30%的藥土作為墊土，播種后用70%的藥土覆蓋。

4、加強管理：一是灌水。播種前澆透底墑水，分苗前一般不用再灌水。床土過干，必須灌水時，可在晴天上午用噴壺輕澆；二是提溫。要保持苗床薄膜清潔，增加光照，提高地溫，促進根系發育和幼苗健壯生長；三是定苗。提早間苗、定苗，防止苗荒、苗弱；四是放風。及時排風降濕，加強煉苗，促進幼苗敦實健壯，增強抗病能力。

5、苗期噴藥：發病初期可用75%百菌清800倍液，或50%多菌靈可濕性粉劑600倍液，或25%甲霜靈可濕性粉劑800倍液，或64%殺毒礬可濕性粉劑500倍液進行噴霧防治。同時，發現病株，要及時拔除集中銷毀。