食用菌和其它植物一樣，在生長發(fā)育過程中，當生態(tài)環(huán)境條件不能滿足其所需的最低要求時，就會發(fā)生代謝性的障礙而使菇類畸變，這屬于生理性病害。在菌絲體階段表現(xiàn)為菌絲萎縮或徒長，在子實體階段則表現(xiàn)畸形。
   
    1、菌絲徒長。主要發(fā)生在磨菇栽培中的覆土層，絨毛菌絲持續(xù)不斷的往細土表面生長，菌絲徒長嚴重時，甚至濃密成團，結(jié)成菌皮，推遲出菇，并且由于消耗養(yǎng)分過多而降低產(chǎn)量。
  
    出現(xiàn)菌絲徒長，應(yīng)加強通風，降低二氧化碳濃度和空氣相對濕度，并且降低菇房的溫度，抑制菌絲生長，促進菇蕾形成。如果土面或栽培塊表面已結(jié)成菌塊，必須用刀將菌塊劃破，噴重水，大通風，仍可形成子實體。

2、菌絲萎縮。蘑菇栽培中，有時在發(fā)菌或出菇階段出現(xiàn)菌絲發(fā)黃、發(fā)黑、萎縮甚至死亡的現(xiàn)象。產(chǎn)生的原因：①料害：多出現(xiàn)在播種之后3-5天。建堆時化肥添加過遲，培養(yǎng)料含氨量過高導致"氨中毒"而死亡。堆料配制時 C/N不適,發(fā)酵時間過長，培養(yǎng)料過于腐熟，產(chǎn)生酸化，則會造成培養(yǎng)料內(nèi)菌絲萎縮成細線狀；②水害：覆土層噴水過急，水分滲漏入料層，造成培養(yǎng)料過濕而缺氧，致使菌萎縮；③氣害：高溫濕條件下，菌絲新陳代謝加快，造成二氧化碳濃度過高，菌絲易發(fā)黃死亡。
   
    3、死菇現(xiàn)象。在出菇期間，幼小的菇蕾或小的子實體，在無病蟲害的情況下，發(fā)生變黃萎縮，停止生長甚至死亡的現(xiàn)象，主要原因：①氣溫過高或過低，不適合子實體生長發(fā)育；②噴水重，菇房通風不良，加上氣溫高，空氣濕度大，氧氣供應(yīng)不足，二氧化碳積累過多，造成菇蕾或小菇悶死；③出菇過密，在生長過程中，部分菇蕾因得不到營養(yǎng)而死亡或因采菇時受到震動、損傷，也會使小菇死亡；④噴藥次數(shù)過多、用藥過量，會使基原滲透壓升高或菇體中毒，從而發(fā)生藥害而死菇。
  
    4、畸形菇。形成的子實體形狀不規(guī)則，如柄長蓋小、歪斜等，造成畸形菇的原因：①機械損傷，粗土顆粒過大，出菇部位過低，與木框發(fā)生擠壓、碰撞等；②栽培室內(nèi)光線不足或二氧化碳濃度過高，栽培環(huán)境過于密閉，尤其冬季只注意室內(nèi)保溫措施，忽視了隨著子實體發(fā)育菇體需氧量倍增的習性，另外過于追求栽培數(shù)量，忽視栽培數(shù)量與空間比例的關(guān)系，造成栽培場過分擁擠，栽培層架中通風不良，二氧化碳濃度過高。
   
    5、空心菇。當氣溫高于18℃，水分供應(yīng)不足，濕度低于90%時，菌柄中易產(chǎn)生空心現(xiàn)象，如果氣溫過低，菇生長緩慢，在菇床面停留時間過長，也會產(chǎn)生空心菇。為了防止空心菇發(fā)生，在蘑菇盛產(chǎn)期應(yīng)注意加大噴水量和提高菇房內(nèi)的溫度。