水稻惡苗病從苗期至抽穗期均可發(fā)生，一般有3個較明顯的發(fā)病高峰期。在播種后15天左右出現(xiàn)第一個發(fā)病高峰，在水稻分蘗高峰期出現(xiàn)第二個發(fā)病高峰，在水稻孕穗期出現(xiàn)第三個發(fā)病高峰。在前兩個高峰期發(fā)病較嚴重。帶菌種子是水稻惡苗病的主要傳染源，其次是病稻草。惡苗病病菌以分生孢子附著在種子表面或以菌絲體潛伏在種子內(nèi)越冬。播種病谷或用病稻草覆蓋催芽，均可引起幼苗發(fā)病。苗期發(fā)病，病苗比健苗細高，葉片、葉鞘細長，葉色淡黃，根系發(fā)育不良，部分病苗在移栽前后不久死亡。病死植株表面產(chǎn)生分生孢子，能經(jīng)風雨傳播到健苗，從傷口侵入，造成多次再侵染。但這種再侵染能力比較弱，在田間侵染健康稻苗的可能性很小。

       播前用藥浸種是防治惡苗病的有效措施，適用藥有氰烯菌酯、咯菌腈、乙蒜素、咪鮮胺等。但用藥量過低或用藥濃度過低會導致防效下降，造成惡苗病發(fā)生。用藥浸種時間過短，也會導致防效下降。部分地區(qū)水稻惡苗病病菌對咪鮮胺產(chǎn)生了抗性，在這些地區(qū)，宜換用氰烯菌酯、乙蒜素、咯菌腈等藥浸種。在水稻浸種過程中，病種子上的病菌會污染無病種子。水稻惡苗病病菌主要在催芽期間侵染芽谷，此時稻種堆積、溫濕度適宜，由部分稻種攜帶的分生孢子大量萌發(fā)，不僅侵染原來帶菌的稻種，還侵染原來不帶菌的稻種，使染病率大幅度提高。一般催芽的比不催芽的發(fā)病重，催芽時間越長發(fā)病越重。用藥浸種后不經(jīng)催芽或催至露白播種能有效控制惡苗病發(fā)生。有研究表明，縮短浸種催芽的時間，對惡苗病也有顯著的預防作用，以干種直接播種最為明顯。相對于浸種催芽來說，干種直接播種對惡苗病的病株防效可達80％以上。

      上述移栽、機插稻田惡苗病發(fā)生較重，可能與浸種選藥不當、浸種質(zhì)量差、催芽時間長等有較大關(guān)系。旱直播水稻，一般播種干籽，不催芽，病菌侵染率低，即使有部分帶菌種子，病菌一般也不會侵染健苗，因而發(fā)病輕或不發(fā)病。