(1)土壤有機質長期處于淹水狀態，分解不徹底，硫化氫、甲烷等還原性產物多，影響根系生長發育。

(2)土壤速效養分不足，特別是磷素缺乏，土溫偏低，磷的吸收受阻，常常使秧苗因缺磷而發生僵苗。

(3)微量元素缺乏，特別是有效鋅缺乏，也會引起僵苗現象。為防治水稻僵苗，應采取綜合防治措施：開溝排水，降低地下水位，增加土壤通透性，增加土壤氧化性能，提高土壤的保肥能力，使還原性有害物質減少，利于發根。此外，采取烤田、曬田辦法，提高地溫，促進氮磷的釋放和吸收，對緩解僵苗亦有利。施肥方面，要施用腐熟好的農家肥，作物整個生育期注意氮肥供應，防止作物出現早衰現象。插秧時施足速效磷肥，可以減少因磷缺乏引起的僵苗。在缺鋅引起僵苗的土壤上，注意鋅肥的施用。磷肥與鋅肥有拮抗作用，即互相降低肥效，但氮與鋅之比小于30使不會發生拮抗作用。總之，水稻僵苗現象是多種原因造成的，必須采取綜合防治措施，才能收到顯著效果。