萵苣菌核病為真菌性病害，植株感病后，先是近地面的葉柄呈米黃色腐爛，然后葉片枯萎，接著整株腐爛。濕度大時，病部產生白色棉絮狀物，后期在莖內外產生黑色鼠糞狀菌核，病株葉片變黃，凋萎，全株枯死。土壤中的菌核在秋天或春天長出子囊盤散出子囊孢子，隨空氣傳播。

    在整地前對田間灌水，可使菌核死亡。早春多雨天氣，保護地內提倡每畝使用45%乙熏靈250克或50%百菌清粉塵劑1000克防治，每周一次，連續2～3次。還可選用50%速克靈可濕性粉劑1000～1200倍液、50%農利靈可濕性粉劑1000倍液、40%施佳樂懸浮劑800倍液、65%腐霉靈可濕性粉劑600～800倍液、40%嘧霉胺可濕性粉劑600倍液、40%菌核凈可濕性粉劑500倍液、50%苯菌靈粉劑1500倍液、50%撲海因可濕性粉劑600～800倍液噴霧，7～10天一次，連續3～4次。