病毒病：為秋季設施番茄的突出病害，毒源有番茄黃化曲葉病毒、煙草花葉病毒、黃瓜花葉病毒，田間可因幾種毒源混合侵染造成多種病毒病混合發生。應采用遮陽網、防蟲網降低棚溫及阻隔粉虱、蚜蟲、薊馬等傳毒害蟲;及時中耕，促進根系發育;根據植株及天氣情況合理澆水，防止徒長;注意平衡施肥，防止早衰，增強抗病性;田間操作時不要吸煙，整枝打杈時先整健株后整病株，接觸過病株的手要用肥皂水洗凈;適時采用色板、藥劑防治傳毒害蟲。

晚疫病：是番茄的毀滅性病害，具有起病急、蔓延流行迅速的特點，一旦發病，若不及時合理防治，短時間內即可擴展至全棚導致拉秧。應注意放風、調溫控濕，避免葉面結露或形成水膜;避免澆水后遇陰雨天，發病后適當控制澆水;發現病株選用72%霜脲·錳鋅可濕性粉劑、68%精甲霜·錳鋅水分散粒劑、52.5%唑菌酮·霜脲氰水分散粒劑、25%嘧菌酯懸浮劑、寡雄腐霉可濕性粉劑(勿與化學農藥同用，應上午或傍晚噴施，不宜在陽光暴曬或雨前施用)等藥劑噴霧。盡量采用常溫煙霧施藥防治。

葉霉病、早疫病：發病重時可造成葉片干枯及減產。應合理調溫控濕，避免澆水后遇陰雨天，發病后適當控制澆水;發病初期選用40%氟硅唑乳油、10%苯醚甲環唑水分散粒劑、47%春雷霉素·王銅可濕性粉劑、寡雄腐霉可濕性粉劑(注意事項同上)等藥劑噴霧。發病前可用硫磺熏蒸器定期熏蒸預防。