褐腐病又稱白腐病、濕泡病、水皰病等，病菇幼時受浸，該病是由一種叫做疣孢霉的病菌引起。后期，其形成不規則的灰白色“疙瘩頭”或畸形菇，且在表面生一層“白毛”。即其病原菌菌絲體溫度在20℃以上時，短短4-5天的時間，病菇色澤變暗，繼以腐敗，滲出褐色的液汁，并腐爛、發臭。若棚溫低于20度時，該過程變長，約需7天以上。子實體生長中期受浸時，則在菌蓋表面出現褐色病斑，菌柄呈腫脹粗胖狀，繼之菇體變軟，亦滲出暗褐色液滴。切開病菇觀察，則發現其內部組織由原白色變為淺白、烏白色，菇體軟腐后則變為烏褐色，并發出臭味。

防治措施：

一是菇房消毒。培養料入房前或栽培結束培養料出房前一定要消毒。清理環境衛生，陳年的染病老菇棚重新使用前，可掀去上覆物，鏟除一層墻皮后，繼之堆上秸稈點火焚燒，然后再重新扣棚，栽培及加工設施消毒，用巴氏滅菌60℃維持10小時，悶棚2天以后即可啟用。

二是覆土消毒。土壤是疣孢霉的生存之地。覆土不能選用表層土，應選取20厘米以下的深土層，取土后在烈日下暴曬3-5天后，使用75%酒精殺菌消毒。

三是加強管理。開始發病時應立即停止噴水，加大菇房通風，以降低菇房內空氣相對濕度，把溫度降到15℃以下，摘除所有的病菇。發病嚴重時，需除掉帶病覆土，更換新土，將病菇燒掉進行消毒。

四是發病菇棚可清除病菇，并清理料面，采取晝蓋夜開方式使棚溫盡量降低，如低于13℃時，可抑制病菌危害。雜菌污染的菌床使用75%酒精殺菌可有效抑制或殺死部分病原菌。