萵苣菌核病主要發生在莖部和葉片上，以生長中后期發病為主。一般先從中部葉片發病，剛開始葉尖出現水浸狀褪綠斑，之后病斑逐步向下擴展，導致病葉軟腐。由于萵苣生長中后期葉片緊湊，病葉軟腐后搭在下面的葉片上，使病菌迅速擴散。病菌侵入莖部后，先出現不規則稍凹陷斑，以后逐漸發展為環莖腐爛。濕度大時病部產生棉絮狀菌絲體，后期菌絲體交織形成不規則狀的菌核。通常偏施氮肥特別是速效氮肥，棚內種植密度過大，通風透光條件差，地勢低洼、排水不良的田塊發病重。

防治萵苣菌核病，重點要把好以下四關。（1）種植前把好傳入關。選擇地勢高、易排水、土壤肥沃的沙壤土地種植，播種或移栽前用50%甲基硫菌靈可濕性粉劑與細土按1∶30的比例拌勻消毒。（2）栽培過程中把好預防關。地膜覆蓋栽培，將土壤中的子囊盤阻斷在地膜下，使其不能完成發育過程；起高壟栽培，帶土定植；及時清除老葉和雜草，減少病菌傳播途徑；加強肥水管理，基肥以腐熟有機肥為主，增施磷鉀肥，合理使用氮肥，增強植株抗性；適當控制密度，每畝栽6000株為宜，以利于通風透光。（3）發病后把好藥劑防治關。藥劑防治要早，掌握在發病初期用50%腐霉利可濕性粉劑1000～1200倍液，或40%嘧霉胺可濕性粉劑600倍液，或40%菌核凈可濕性粉劑800倍液，或70%甲基硫菌靈可濕性粉劑800倍液噴霧，每隔5～7天一次，連續防治3～4次。病株應及時拔除，并帶出田外深埋或燒毀。（4）收獲后把好殘留關。收獲后及時清除殘葉，深翻土壤25厘米以上，將病菌埋入土壤深處，抑制子囊盤出土。夏季利用高溫殺菌，即5—6月深翻土壤20～30厘米，耕地時盡量形成立壟，在地面均勻撒施2～3厘米長的麥秸或稻草，再淺耕一遍，平整地面，澆透水，然后在地面上覆蓋一層舊棚膜，用土壓實四周，7～10天后揭去棚膜；也可以在麥草中摻入適量生石灰，每畝不超過300公斤，以加速麥草腐熟，起到放熱升溫和保持土壤酸堿平衡的作用。該方法能使5～10厘米土溫升至40～60℃，殺死土壤中的有害生物。