任何作物對除草劑都不具有絕對的耐性或抗性，而所有除草劑品種對作物與雜草的選擇性也都是相對的，在具備一定的環境條件與正確的使用技術時，才能顯現出選擇性而不傷害作物。在除草劑大面積使用中，作物產生藥害的原因多種多樣，其中有的是可以避免的，有的是難以避免的。

霧滴揮發與飄移 高揮發性除草劑，在噴灑過程中藥液霧滴極易揮發與飄移，致使鄰近的敏感作物受害，而且噴霧器壓力愈大，霧滴愈細，愈容易飄移。特別是2，4-滴丁酯表現最為嚴重與突出，在地面噴灑時其霧滴可飄移1000～2000米。對于易揮發的除草劑，不僅存在飄移問題，而且在施藥后的一段時間內藥液不斷揮發，不斷發生藥害。

土壤殘留 在土壤中持效期長、殘留時間久的除草劑易對輪作中敏感的后茬作物造成傷害，如玉米田施用西瑪津或阿特拉津，對后茬甜菜、小麥等作物有藥害；大豆田施用廣滅靈、普施特，對后茬小麥有藥害。

混用不當 不同除草劑品種間以及除草劑與殺蟲劑、殺菌劑等其他農藥混用不當，也易造成藥害。下面介紹幾種混用方法：一是兩種除草劑的除草范圍應有所不同；二是速效的藥劑應與遲效的藥劑相混合，長效的藥劑應與短效的藥劑相混合；三是在土壤中擴散性、移動性大的藥劑應與擴散性、移動性小的藥劑相混合；四是兩種藥劑的使用時期和方法必須吻合。