危害識別步驟涉及確定一種健康危害是或者可能是與食品中的生物學、化學或物理學因素有聯系的。該步驟一般依靠篩查方法和長、短期細胞或者動物試驗。試驗系統包括定量的結構-活性關系、短期生物學測試和動物試驗。該步驟產生的可能結果是：就所研究的因子被認為是或不是一種對人體健康的危害因素。其不確定性包括對因子的正確分類（如它是或者不是一種對人體健康的危害）和對該因子進行分類時測試的質量。如果某因子在評價中經多次測試，它被認定為陽性或者陰性，則具有一定程度的測試精確度。例如，用Ames細菌回變試驗確定一種化學物是否具有致突變性。用此方法檢測化學物的不確定性，在于此試驗是否確實能夠預測在獲得陽性結果時就意味著能在人體產生腫瘤。測試的操作涉及用相同的化學物重復檢測或用不同的測試系統分析結果是否相同。