（1）維持
根據封閉群遺傳學要求，封閉群中不應產生小群體，也不應改變封閉群特有的雜合性，應保持其遺傳基因的穩定及其異質性和多態性，小鼠保種時應盡可能多的保留繁殖個體。因此其維持和生產可采用以下幾種避免近交的交配制度進行，以使近交系數的上升率不超過1％。
①隨機配對交配：配種前將雌雄個體或組分別編號，同一父母的留種鼠或同一生產單元的留種鼠編為同一號，隨機與不同號的留種鼠配對。此法適用于中等或大群體維持生產。
②分組交叉交配：將同一批種鼠，雌雄分別分組編號，配種時按組別交叉配種，可避免同窩雌雄近親交配。如按飼養室或籠架，可將生產群分為1到n的n個組，每組留種鼠按組別編為相應的號，配種時用1號雄鼠配2號雌鼠，2號雄鼠配1號雌鼠，依此類推。此法用于大群體生產。
③循環交配：將留種同窩雌雄個體分別編號，如雌雄鼠都編為1號， 在配種時雄性編號不變，與相鄰編號的雌鼠如2號交配，2號雄鼠與3號雌鼠交配，依此類推，n號雄鼠與1號雌鼠交配，如此形成一個環狀循環。此法用于小群體生產。
（2）生產：
常用的方法有一雄多雌同居交配法和雌雄1：1同居交配法。前法優點是孕鼠另居分娩，泌乳好，仔鼠健康。缺點是生產周期長，也可因打架而咬傷。后法優點是繁殖周期短，每月一胎。缺點是母鼠體質消耗很大，如營養跟不上，會影響動物質量。
在封閉群小鼠的生產中，不應與外來個體交配繁殖，而導致遺傳污染。也不應使群體內的小鼠長期與大群隔離，而出現遺傳分化。應盡力避免有意識地留種或選擇小鼠進行繁殖包括對小鼠繁殖能力的選擇，否則可導致小鼠固有遺傳特征的改變。