高效毛細管電泳（HPLC）亦即毛細管電泳（ＣＥ），是一種發展迅猛的新型的分離分析技術，與常用的高效液相色譜法（HPLC）相比，具有分析時間短，分離效率高，適應性廣，檢測限低，進樣量小，溶劑消耗少，自動化程度高等優點，近十多年來已廣泛應用于蛋白質、氨基酸、無機離子、有機化合物、藥物的分離分析，在生物醫藥學領域倍受青睞。
與傳統的電泳相比，毛細管電泳主要特點有四個：一是高效，二是快速，三是微量，四是可以自動化。在毛細管區帶電泳中，柱效一般為每米幾十萬理論板數，高的可達每米100萬以上，而在凝膠電泳中這一指標竟能達到幾百萬甚至上千萬，通常的分析時間不超過30min，在采用電流檢測器，毛細管電泳的最低檢測極限可達10-19，即使是一般的紫外檢測器，大體也在10-13-10-15mol之間，因此樣品用量僅為納升而已，商品儀器的操作已可全部自動化。
毛細管電泳和高效液相色譜（HPCE）一樣，同是液相分離技術，因此在很大程度上HPCE與HPLC可以互為補充，但是無論從效率、速度、樣品用量和成本來說，毛細管電泳都顯示了一定的優勢。與HPLC相比，毛細管電泳的柱效更高一些，速度更快一些，同時，它幾乎不消耗溶劑，而樣品用量僅為HPLC幾百分之一。HPCE沒有泵輸運系統，因此成本相對要低，通過改變操作模式和緩沖液的成分，毛細管電泳有很大的選擇性，可以根據不同的分子性質（如大小，電荷數，手征性，疏水性等）對極廣泛的對象進行有效的分離。相比之下，為達到類似目的，HPLC要消耗許多價格昂貴的柱子和溶劑。
