口咽部上皮下的淋巴組織團塊。在舌根、咽部周圍的上皮下有好幾群淋巴組織，按其位置分別稱為腭扁桃體、咽扁桃體和舌扁桃體。其中以腭扁桃體最大，通常所說的扁桃體即指腭扁桃體而言。腭扁桃體有一對，位于舌腭弓與咽腭弓之間，卵圓形，表面為復層鱗狀上皮所覆蓋。上皮向扁桃體內部陷入形成10～20個隱窩，隱窩中含有脫落的上皮細胞。淋巴細胞及細菌等。上皮下方及隱窩周圍密集分布著淋巴小結及彌散淋巴組織，淋巴細胞常穿過上皮而沉積于口咽部。扁桃體的被膜是一層致密的結締組織，它把腭扁桃體與鄰近器官隔開，有阻止腭扁桃體感染擴散的屏障作用。
扁桃體可產生淋巴細胞和抗體，故具有抗細菌抗病毒的防御功能。咽部是飲食和呼吸氣的必經之路，經常接觸較易隱藏病菌和異物。咽部豐富的淋巴組織和扁桃體執行著機體這一特殊區域的防御保護任務。不過此處也易遭受溶血性鏈球菌。葡萄球菌和肺炎球菌等到病菌和侵襲而發炎。這些細菌通常就存在于人的咽部和扁桃體隱窩內。正常情況下，由于扁桃體表面上皮完整和粘液腺不斷分泌，可將細菌隨同脫落的上皮細胞從隱窩口排出，因此保持著機體的健康。當機體因過度疲勞、受涼等原因而使抵抗力下降，上皮防御機能減弱，腺體分泌機能降低時，扁桃體就會遭受細菌感染而發炎。若扁桃體炎反復發作并對全身產生不利影響時，可以考慮將扁桃體用手術摘除。