科學施用肥料是取得棚室番茄優質高產的關鍵。
重視有機肥。有機肥所含營養元素全、肥效緩而長。有機肥是土壤微生物的能源，具有活化土壤微生物的功能，土壤微生物的增加可提高土壤養分的利用率，提高作物的抗病能力。有機肥在分解過程中釋放出的二氧化碳，又成為光合作用的原料，可顯著提高產量。同時，有機肥還具有提高作物品質的功能。為此重視有機肥是番茄施肥技術的核心。但是，使用的有機肥必須是發酵好的，否則，易產生有害氣體。一般情況下，每畝施用優質有機肥4000-5000公斤。有條件的也可使用微生物的接種制劑，一般情況下每畝用量為2-3公斤。
平衡使用化肥�；示哂叙B分含量高、肥效快的特點，合理使用可彌補有機肥和土壤中所供給某種營養元素的不足，對提高產量、改善品質同有機肥具有同樣的效果，只要平衡使用化肥不會對作物和環境造成危害。番茄常用的肥料品種有：尿素、過磷酸鈣、硫酸鉀、硼砂、硫酸鋅和三元復合肥等。其中過磷酸鈣在酸性土壤或舊大棚上使用效果較好。有機肥用量大的和舊大棚，可選用用肥量的低限；有機肥用量少的和新建的大棚可選用用肥量的高限。
合理分配基肥、追肥的比例。依據肥料特點及番茄需肥規律，確定基肥、追肥的比例。一般情況下，有機肥、磷肥、微肥和80%的鉀肥、30％的氮肥混勻后做基肥，并將其中的2/3均勻撒于地表，然后翻于地下，其余1/3起壟時施在定植行內，其余70%的氮肥和20％的鉀肥分別做追肥使用。
番茄進入盛果期后，根系的吸肥能力下降，此時可進行葉面噴肥，常用的方法是每畝每次噴灑1％的尿素溶液加0.5％的磷酸二氫鉀溶液加0.1％的硼砂混合液40-50公斤，5-7天一次，連噴2,3次，有利于延緩衰老，延長采收期。