有些化肥施用于蔬菜后，可以提高其品質與產量，但有些化肥施用于蔬菜后雖能提高產量，卻會對蔬菜產生污染，引起食用者中毒。
　　
　　 硝酸銨和其他硝態氮肥一般不宜施用于蔬菜。硝態氮肥施入菜田后，會使蔬菜中的硝酸鹽含量成倍增加，硝酸鹽在人體中容易被還原為亞硝酸鹽，亞硝酸鹽是一種劇毒物質，對人體危害極大。
　　
　　 氯化銨、氯化鉀等含氯化肥，不宜施用于番茄、馬鈴薯。含氯肥料在土壤中分解后，銨或鉀離子會被土壤吸附或被蔬菜吸收，濃度達到一定程度時，會對蔬菜根系產生毒害，嚴重的會造成蔬菜死亡。
　　
　　 葉菜類蔬菜忌葉面噴施氮肥。蔬菜葉面噴施氮肥，其銨離子與空氣接觸后，易轉化為酸根離子被葉片吸收，加上葉菜類蔬菜生育期短，很容易使硝酸鹽積累在葉內。因此，忌在葉菜類蔬菜葉面噴施氮肥。
　　
　　 蔬菜施用微肥，能促進蔬菜優質高產，但蔬菜對微量元素需求量極少，過量施用微肥不僅造成浪費，而且對作物易產生毒害，污染環境。硫酸亞鐵每畝用量不能超過3.25公斤。硫酸錳、氯化錳每月畝用量不能超過2.05公斤。硫酸銅每畝用量不能超過2公斤。硼砂、硼酸每畝用量不能超過1.25公斤。