1．樣品的前處理：制備色譜柱子由于處理的樣品多，比分析柱子更容易受污染，所以，必要的前處理就顯得非常的必要。萃取、過濾、結晶、固相萃取等簡單的分離方法，如果用得上，而且還不是很麻煩，就要盡可能多的采用以去掉雜質。 

2．色譜柱的選擇：各種規格的玻璃柱子在實驗室里頭很容易得到，而且價格低廉，但玻璃柱子致命的弱點是它能承受的壓力很小，且非常容易破碎。當由于壓力太小而導致流動相流速很慢的時候，高位液面或加高壓空氣（或者氮氣）的采用是一個簡單的解決辦法。在底下加真空，也能在一定程度上解決這個問題。不銹鋼柱子具有良好的耐腐蝕、抗壓力性能，但其價格相對很貴。如果，只有很小的分離任務且經費也允許，市面上直徑為1cm的小型制備柱就是首選。有機玻璃柱子也能抗壓力耐腐蝕，相對不銹鋼柱子而言，它是半透明的，可以看到液體的運行狀態，對有色的物質其特點就更為突出。

3．固定相的選擇：硅膠、鍵合固定相（如C18）、離子交換樹脂、聚酰胺、氧化鋁、凝膠等都可以作為色譜柱的填料。有不少文獻報道，對填料可以進行一下處理提高了分離效果，如，對硅膠進行的硝酸銀（或緩沖液）處理。

4．裝柱方法的選擇：根據固定相顆粒度和柱子的尺寸，采用不同的裝柱方法，往往裝填越好分離效果越好。裝柱效果跟填料的顆粒度關系很大，顆粒度的減少會導致裝柱的難度。一般來說，顆粒直徑小于20－30um的固定相采用濕法裝填。所謂"敲擊－裝填"技術適用于顆粒直徑大于25um的固定相。濕法的目的是迫使相對稀松的固定相懸漿以高速裝入色譜柱子，從而減少空隙的形成。然而，當柱直徑大于20mm，所加壓力為30－40bar時，高壓懸漿裝填技術就變得十分復雜。為將小顆粒固定相裝入更大得制備型色譜柱，可采用柱長壓縮技術。這種方法，先將固定相懸漿（或偶爾是干填充物）裝入柱中加壓，利用物理方法將其壓緊。壓緊的方法有兩種：徑向壓縮和軸向壓縮。濕法裝柱需要一定的設備，在柱子填完后，應用有柱效的測量，對柱效低的柱子應該重填。

5．流動相的選擇：除了和分析色譜同樣的考慮外，在選用流動相時，要考慮色譜分離后面加有旋轉蒸發等二次分離操作。一般來說，不宜采用高毒性溶劑，對多元溶劑要盡可能的少用。

6．加樣的方法：可以采用以下方法之一進樣。－用注射器進樣－用旋轉閥進樣－通過六通閥進樣－通過主泵進樣－通過輔泵進樣－固體上樣。

7．泵的選用：生產制備色譜泵的廠商很多。根據有無脈沖、能承受的最大壓力、控制的精度、售后服務等來選擇泵。

8．檢測器的選用：一般的分析池的最大允許流速僅為5 mL/min 或者10mL/min。而專門的制備池的最大允許流速可為150mL/min。有時，采用旁路分離管，將少量流體導入分析池進行檢測，是一個不錯的辦法，但其濃度的誤差會相對較大。

9．組分保留時間的估計：用分析柱子在同等色譜條件下（同樣的固定相和流動相）測定保留時間后，按照單一組分的線流速（不是體積流速）一定，通過計算可以知道組分的大致保留時間區域。

10．產品的收集：手工餾分收集費時費力，自動餾分收集器有很大的方便。許多實驗室和工廠都采用了餾分收集器。