運用PCR方法檢測肉毒神經毒素基因以鑒定肉毒梭菌，只需2～3天。特別是基層CDC在購買不到試驗動物的情況下，PCR所具有快速、簡便、特異型強的優點無疑可作為肉毒中毒的輔助檢測手段和一項有價值的指標。

P．Fach（1993）報道，應用PCR可檢出食品樣品的肉毒梭菌A型菌株。趙晉、郭宗琪、楊小蓉等（2006）報道，應用PCR可檢出肉毒食物中毒的病原菌。用1對人工合成的寡核苷酸引物擴增A型、B型、C型、D型、E型、F型和G型肉毒神經毒素基因的一段264bp的DNA片段，并對兩個食物中毒樣品的增菌產毒培養液及分離的菌株進行檢測，結果從食物中毒樣品中檢出了肉毒梭菌。從而證明PCR方法能快速、準確地鑒定肉毒食物中毒樣品中病原菌。

PCR診斷還存在如下一些問題。如只能檢測肉毒梭菌，當中毒食品中只有毒素而無肉毒梭菌存在時，PCR的檢測沒有診斷價值；其次，按照肉毒食物中毒的判定依據：WS／T83-1996“肉毒梭菌食物中毒診斷標準和處理原則”，并未將PCR方法納入其中。因此，在實際工作中，PCR方法不能取代GB／T4789．12-2003，只能作為一種有價值的輔助檢測方法。