1、申請人向所在省綠色食品委托管理機構提交正式的書面申請，并填寫《綠色食品標志使用申請書》（一式兩份）、《企業(yè)生產情況調查表》。

2、各省綠色食品委托管理機構將依據(jù)企業(yè)的申請，委派至少兩名綠色食品標志專職管理人員赴申請企業(yè)進行實地考察。如考察合格，省綠色食品委托管理機構將委托定點的環(huán)境監(jiān)測機構對申報產品或產品原料產地的大氣、土壤和水進行環(huán)境監(jiān)測和評價。

3、省綠色食品委托管理機構的標志專職管理人員將結合考察情況及環(huán)境監(jiān)測和評價的結果對申請材料進行初審，并將初審合格的材料上報中國綠色食品發(fā)展中心。 

4、中國綠色食品發(fā)展中心對上述申報材料進行審核，并將審核結果通知申報企業(yè)和省綠色食品委托管理機構。合格者，由省綠色食品委托管理機構對申報產品進行抽樣，并由定點的食品監(jiān)測機構依據(jù)綠色食品標準進行檢測。不合格者，當年不再受理其申請。

5、中國綠色食品發(fā)展中心對檢測合格的產品進行終審。

6、終審合格的申請企業(yè)與中國綠色食品發(fā)展中心簽定綠色食品標志使用合同。不合格者，當年不再受理其申請。

7、中國綠色食品發(fā)展中心對上述合格的產品進行編號，并頒發(fā)綠色食品標志使用證書。 

8、申報企業(yè)對環(huán)境監(jiān)測結果或產品檢測結果有異議，可向中國綠色食品發(fā)展中心提出仲裁檢測申請。中國綠色食品發(fā)展中心委托兩家或兩家以上的定點監(jiān)測機構對其重新檢測，并依據(jù)有關規(guī)定做出裁決。