綠色食品最終產品必須由中國綠色食品發展中心指定的食品監測部門依據綠色食品衛生標準檢測合格，綠色食品衛生標準參照有關國家、部門、行業標準制定，通常高于或等同現行標準，有些還增加了檢測項目。綠色食品衛生標準一般分為三部分：農藥殘留、有害重金屬和細菌等。農藥殘留通過檢測殺螟硫磷、倍硫磷、敵敵畏、樂果、馬拉硫磷、對硫磷、666、DDT、二氧化硫等物質的含量來衡量；細菌通過檢測大腸桿菌和致病菌等來衡量，另外，有些產品的衛生標準中還包括黃曲霉毒素和溶劑殘留量等。

　　例1：糧食類產品的綠色食品衛生標準檢測項目有：磷化物、氫化物、二硫化碳、氯化物、氫化物、黃曲霉毒素B1、七氯、艾氏劑、狄氏劑、666、DDT、敵敵畏、樂果、馬拉硫磷、對硫磷、殺螟硫磷、倍硫磷、砷、汞、鎘，共二十一項指標，而常規的糧食類產品衛生檢測項目只檢測馬拉硫磷、磷化物、氫化物、二硫化碳、氯化物、砷、汞、666、DDT、黃曲霉毒素B1等十項指標。

　　例2：全脂加糖奶粉的綠色食品衛生標準檢測項目有：鉛、銅、汞、砷、鋅、硒、硝酸鹽、亞硝酸鹽、666、DDT、黃曲霉素、抗生素、細菌總數、大腸菌群、致病菌十五項指標。奶粉常規衛生檢測一般只檢測細菌、大腸茵群和致病菌。

　　這就是綠色食品衛生標準和普通食品衛生標準在檢測項目方面的區別所在。