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對生產者管理體系的檢查主要是對管理體系文件、記錄、追蹤體系的檢查。
（1）文件記錄要求
對管理體系文件、記錄進行檢查的目的是核實文件的完整性、有效性。生產者的有機生產管理體系的文件應包括以下內容：產地的位置圖；有機生產質量管理手冊；有機生產操作規程；有機生產的系統記錄。
除上述文件外，重點檢查是否有相應的生產管理記錄，主要應該有：
①種植有機產品企業：種子種苗記錄、作物栽培記錄、田間土肥管理記錄、堆肥記錄，灌溉記錄、病蟲草害防治記錄、產量記錄等；
②養殖有機產品企業：來源記錄、飼料/飼料添加劑記錄、飼養記錄、疾病防治記錄、繁殖記錄、存欄記錄、檢疫合格證、運輸屠宰記錄等；
③加工有機產品企業：原料來源記錄、加工記錄、出入庫記錄、有害生物防治記錄、銷售記錄、標簽使用記錄以及沖頂記錄等；
（2）追蹤體系
完善的追蹤體系可以幫助生產者在產品出現問題時將損失降低到最小程度，所以追蹤體系的建立及可追溯性也是有機生產中一個非常重要的內容。檢查追蹤體系的目的主要是判斷追蹤體系的可追溯性。具體檢查內容有：
①生產者建立的追蹤系統。
②生產者保存的能追溯實際生產全過程的記錄（如地塊圖、農事活動記錄、貯藏記錄、出入庫記錄、運輸記錄、銷售記錄等）以及可跟蹤的生產批號系統。
③是否每一批產品都能夠追蹤其來源？
