目的：實施目的不同。監督抽檢是以問題為導向，排查風險為主要目的；評價性抽檢的目的是對市場上食品總體安全狀況進行評估。

結果運用：
  監督抽檢是突出問題導向，是對易發生食品安全問題的食品品種、對易發生食品安全問題的區域、對易發生食品安全問題的檢驗項目開展抽檢。監督抽檢問題發現率越高，代表監督抽檢發揮作用明顯，提前發現食品安全風險，降低了食品不良事件發生的概率。

評價性抽檢以科學評價為目的，是對市場上的食品安全總體狀況進行客觀評價。在方案設計上，目前是根據居民膳食攝入量等因素科學合理確定被評價的品種，根據食品安全標準確定檢驗項目，根據食品消費量科學制定抽樣區域和抽樣比例等。評價性抽檢合格率越高，代表本區域內食品安全總體狀況越好。評價性抽檢的合格率是上級對下級食品安全狀況考核的重要指標。