CFU的計量方式與直接計數菌體數量不同，它專門計算能夠在培養基上生長形成菌落的活細菌。理論上，一個活細菌在適宜條件下可以形成一個菌落，但實際上，由于細菌可能吸附在微小顆粒上或粘連在一起，多個細菌可能共同形成一個菌落。因此，CFU并不等同于細菌的實際數量，而是一種基于能夠形成可見菌落的活細菌的估算值。

CFU計數不能精確反映細菌的真實數量的主要原因：

1、菌落合并：在實際操作中，待測樣品往往難以完全分散成單個細胞，因此長成的一個單菌落可能來源于樣品中的兩個或更多個細胞的聚集生長。

2、培養條件限制：并非所有細菌都能在標準的培養條件下生長，有些細菌可能因為特殊的營養需求或生理特性而無法被培養出來，這會導致實際存在的細菌數量被低估。 

3、菌落形成單位的定義：CFU計數是基于活菌計數的，即每個菌落代表一個能夠形成可見菌落的活細菌細胞或細胞群體。這個計數方法假設每個菌落起源于單一的細胞，但實際上可能并非如此。 

4、操作誤差：在樣品的稀釋、接種和計數過程中，人為操作可能引入誤差，這些誤差會影響最終的計數結果的準確性。

5、菌落計數的主觀性：菌落計數依賴于人工觀察和計數，不同的觀察者可能會有不同的計數標準，從而導致結果的變異。