氣相、液相色譜樣品瓶清洗不徹底的潛在問題包括：

導致的分析物損失；溶劑與隔墊作用產生的色譜雜峰；自動進樣器的機械損壞；樣品降解；進樣重復性差等等。總之會出現因清洗后的色譜樣品瓶潔凈度達不到要求而導致實驗結果發生偏差的情況。按玻璃儀器洗滌方法根據污染程度選擇清洗方法，下面介紹五種清洗色譜樣品瓶方法：

第一種：酒精清洗

1、倒干色譜樣品瓶內試液。

2、全部浸入95%酒精，超聲洗2次后倒干，因為酒精易進入1.5mL的小瓶，且能與大多數有機溶劑互溶以達到。

3、倒入清水，超聲洗2次。

4、倒干瓶內洗液，于110攝氏度烘1~2小時，注意不能于高溫下烘烤。

5、冷卻，保存。

第二種：甲醇+超聲波清洗

1、先用甲醇（色譜純）浸泡，并超聲清洗20分鐘，后將甲醇倒干。

2、再將色譜樣品瓶內注滿水，超聲清洗20分鐘，后將水倒干。

3、后將色譜樣品瓶烘干。

第三種：純水+超聲+乙醇清洗

1、自來水沖洗幾遍。

2、放入倒有純水的燒杯中，超聲15分鐘。

3、換水，再超聲15分鐘。

4、泡在倒有無水乙醇的燒杯中。

5、然后取出自然風干。

第四種：過氧化氫+酒精清洗

1、一般都是先用清水沖洗烘干后再用強氧化氫洗液洗液浸泡。