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儀器數據采集在LIMS建設過程中，主要目標是實現從LIMS中將樣品編號、檢驗檢測項目、方法等發送到儀器設備工作站，并從儀器設備工作站中將樣品編號，檢驗檢測項目、方法、結果，質控結果等信息發送到LIMS中，從而實現雙方向的數據自動傳輸。儀器設備的數據采集是LIMS能夠極大提升檢驗檢測人員效率的功能，因此是否進行了儀器采集、儀器采集覆蓋實驗室的儀器數量、是否進行雙向傳輸等經常作為LIMS提升效率的關鍵評判標準。
儀器數據采集概述
根據儀器是否具備雙向傳輸條件，將儀器數據采集劃分為雙向傳輸儀器數據采集和單向傳輸儀器數據采集。要實現雙向傳輸，主要有兩種方式一種是通過與網絡化色諧工作結（如：Empower、CDS等）集成進行雙向傳輸；另一種是直接通過僅器設備提供的接口協議進行數據傳輸。
根據儀器設備提供的數據傳給接口、工作站的情況等，將儀器數據采集劃分為串口數據采集、并口儀器數據采集、網口儀器數據采集、藍牙儀器數據采集、文件儀器數據采集等不同的種類，但是，在LIMS建設過程中，為了達到儀器接口的統一性，一般會輔以硬件資源。
將不同的接口轉化為統一的接口方式，例如，將串口、并口、藍牙等通過相應的轉換器直接轉換為統一的無線網絡傳輸，這樣在LlMS中只需要針對網絡傳輸協議進行數據處理即可。
需要說明的是，為使數據在儀器和LIMS之間傳輸，需要將儀器產生的數據上網，但是考慮到實驗室儀器直接接入互聯網會造成潛在的安全風險，所以僅將儀器接入安全的局域網，同時要保證，儀器聯網技術不能與儀器工作站的軟件產生沖突。
儀器采集4種方式
01串口輸入設備采集
宿主服務下達采集指令,采集端接收到消息指令通過串口采集設備檢測數據，并將接收到的會話編碼一并提交宿主服務或保存采集主控端數據庫。
系統通過指定的串口號、波特率、數據位、停止位、校驗位、數據類型實時監聽串口變動，將監聽的數據實時存在在系統緩存；
02.文件類輸出設備采集
檢測人員掃碼將樣品編碼輸入檢測設備工作站系統，當檢測完成后，采集端通過監聽文件輸出實時解析檢測結果，并將檢測結果按照采集端報文格式保存到采集主控端數據庫。
03.數據庫類輸出設備采集
檢測人員掃碼將樣品編碼輸入檢測設備工作站系統，如果檢測設備支持寫入則宿主服務可以自動下發樣品編碼及相關數據。采集端定時檢查檢測設備工作站數據庫的輸出，獲取到檢測數據后按照采集端報文格式保存到采集主控端數據庫。
04.其他輸出設備采集
具體需要現場勘察調研而定。
采集工作站采集過程
1.所有數據統一存儲于單機數據庫, 關聯人、機、料、法、環等信息 (如: 生產設備、產品批次、測量儀器等)，不能通過網絡訪問，只能通過本機計算機訪問。后期也可作為LIMS系統質量大數據平臺的數據采集端使用，保證客戶不會重復投入；
2.數據采集功能，數據采集工具將以客戶端的形式運行在與設備連接的工作站電腦上，主要負責將設備產生的完整的可輸出的原始結果提取到系統，供實驗室人員進行報告生成、匯總等操作；
3.儀器數據采集采用系統+ActiveMQ消息服務器客戶端的形式實現，數據采集分為兩部分，第一可將需要的樣本編號等信息以約定的形式發送給設備；
4.采集客戶端負責進行實際的采集行為的處理，并將采集后的結果以消息的形式返回。采集客戶端還負責將設備所需的項目編號等信息以約定的形式發送給設備；
5.采集時根據各設備情況可分為手動采集和自動采集，手動采集時由系統界面發起采集動作；
6.采集客戶端實時監聽采集申請，客戶端收到采集申請后進行相應設備結果的數據采集然后以消息的形式返回給系統完成數據采集；
7.自動數據采集時由采集客戶端根據本地配置的采集規則進行定時的結果掃描并將需要的數據回發給LIMS系統；
8.實驗人員將分析儀器檢測結果文件（如PDF、word、Excel、CSV、TXT ） 等從數據工作站中導出，存放至指定目錄下；
9.LIMS系統或者開發的采集數據軟件定時掃描改文件夾，通過解析儀器的檢測結果文件的數據存儲格式，從文件中提取實驗室結果信息存儲至LIMS的檢測結果數據庫中。 
