掃描儀在使用過程中最主要是要防高溫、防塵、防濕、防震、防傾斜，這樣才能夠保持良好的掃描品質。

    由于掃描儀的靜電特性，灰塵、污物容易吸附堆積，使光學器件、傳動器件的功能受到影響。若內部機械部件長期受到磨損，掃描儀會發生掃描聲響大、圖像錯位和圖像模糊等問題，因此掃描儀的清潔維護是掃描儀保養至關重要的步驟。掃描儀的清潔維護工作主要是對掃描的鏡頭組件、機械部件進行清潔、維護，以達到保證掃描儀掃描質量、延長掃描儀壽命的目的。

　　首先檢查掃描儀的鎖緊裝置是否已鎖上。清潔工作必須在鎖緊裝置處于鎖上的狀態下進行。

　　拿一塊軟布把掃描儀的外殼（不包括玻璃平板）擦拭一遍，除去表面的浮灰，不要用水擦拭，避免將外殼弄得更花。然后再用一塊濕布細擦，注意布不要太濕。在一些積垢很厚的地方，可以沾一些清潔劑擦拭，注意不要用酒精、乙醚等有機溶劑擦拭。 　　接下來將掃描儀上罩取下，一般旋開引腳處的螺絲即可取下上罩。檢查并清潔上罩玻璃板上的灰塵，特別是基準白處，應仔細清除干凈，否則掃描圖像會出現豎線條。

　　打開掃描儀的外殼后，如果發現里面的灰塵比較厚，可以用吹氣球自內往外吹氣。若有小型吸塵器，除塵效果會更好。

　　除塵完畢后，在掃描儀的光學組件中找到發光管、反光鏡，把脫脂棉用蒸餾水或專用清潔劑弄濕，干濕程度以擠壓后不出水為宜。然后在發光管和反光鏡上擦拭。注意一定要輕，不要按壓改變光學配件的位置或劃傷鏡條和透鏡。

    清潔掃描儀鏡面掃描儀鏡面屬于玻璃制品，鏡面容易刮傷和受到稿件和手的沾污，影響掃描品質。大家應盡量避免硬物碰觸鏡面。同時我們要保持掃描儀鏡面的干凈，在工作中要避免用手直接接觸稿臺玻璃，若鏡面有污垢或灰塵，請用軟質的無塵布沾清潔水擦拭玻璃臺面。
    清潔掃描儀內部如果您的掃描后的圖像背景有比較明顯的陰影，那么您的掃描儀鏡頭上有可能進入了灰塵。此時，您需要對復印機進行專業的清潔。另外我們要避免液體滴入、勿放置于潮濕地方，以免造成電路短路。
　　如果發現掃描儀在使用過程中有噪音出現，可能是滑動桿缺油或是積垢了。先打開鎖緊裝置，將滑桿螺絲擰開，并將鏡頭組件與皮帶分開，抽出滑桿，用紙巾清潔滑桿、鏡組上的滑桿套環、齒輪組，清潔完畢后重新組裝，并在滑桿和齒輪組上涂少許潤滑油，來回拖動滑幾下，擦掉多余的潤滑油，調整皮帶的松緊。噪聲問題就可以基本解決。

　　儀器內部全部清潔完畢后把上罩裝好，再用一塊干凈的布把掃描儀重新擦拭一遍，接上電源試一下，觀察掃描儀工作是否正常。