進入夏季多雨季節，曬干或烘干的干耳、干菇極易吸濕回潮，發霉變質或滋生害蟲，影響商品質量。通常的貯藏方法是趁烘烤干燥尚存余熱時，迅速分級，裝入塑料袋內，扎緊袋口或用烙鐵粘合袋口，隨即裝入襯有防潮紙的木箱、紙板箱或白鐵皮箱中密封。為了防止潮氣侵入或蟲蛀，可在箱內放入石灰包吸潮，同時放一小瓶二硫化碳，然后把箱縫用紙條封嚴，入庫貯藏。另一種方法是密封包裝，低溫貯藏法。具體做法是：鮮菇干燥后，用紙箱密封包裝，紙箱內襯雙層防潮紙和一層塑料薄膜，干菇入箱時含水量不得超過13%，在體積為0.2立方米、裝菇10千克的紙箱內，可放1個盛5—7克二硫化碳的小瓶（開口），用以避蟲；短期（1—6個月）貯存，可置于室溫13—17℃的空調室內；長期（半年以上）貯存，置于3—4℃的低溫冷庫內。空調室和低溫室的相對濕度都應在60%以下，并配有抽風機和吸潮機。在4℃干冷條件下，干香菇可以存放2年不變色，不失味，不受蟲蛀。