1.藥種一定要與其他種子如草種、糧種等分開存放，避免混雜。貯存前要徹底清除藥種中的莖、葉、雜草、泥土等雜物。貯存房間應進行常規消毒，嚴防藥種受到污染。

    2.控制好水分。含油類多的藥種的水分應控制在8%～9%,一般種子應控制在12%～13%.水分過高，藥種極易霉變。

    3.貯存藥種的最佳溫度為10℃左右，溫度過高易使種子呼吸旺盛，會消耗自身貯存的營養，降低發芽率。

    4.藥種應用磚木墊高，離地面50厘米以上，不可直接放在地面上，否則藥種易受潮而使發芽率降低。貯存時應注意通風換氣。

    5.藥種不可用塑料袋密封。因塑料袋不透氣，種子被迫進行無氧呼吸，會產生酒精和有機酸等有毒物質，使種子無法發芽。

    6.藥種不可與農藥、化肥一同存放，不可受到煙氣熏蒸，還要注意防止老鼠等的侵襲。