1、養殖對象的健康主要通過預防措施（如優化管理、飼養、進食）來保證。所有的管理措施應當旨在提高生物的抗病力。

2、養殖密度不能影響水生生物的健康，不能引起其行為異常。必須定期監測生物的密度，并根據需要進行水質監測。

3、允許使用生石灰、漂白粉、茶籽餅和高錳酸鉀對養殖水體和池塘底泥消毒，以預防水生生物疾病的發生。

禁止使用抗生素、化學合成的抗寄生蟲藥或其它化學合成的漁藥消毒。

4、患病的水生生物，應優先采用自然療法。

5、在預防措施和天然藥物治療無效的情況下，允許對水生生物使用常規漁藥。在進行常規藥物治療時，必須對患病生物（水產）采取隔離措施。

使用過常規藥物的水生生物必須要經過所使用藥物的2個停藥期后才能被繼續作為有機水生生物銷售。

6、禁止使用抗生素、化學合成漁藥物和激素對水產品實行日常的疾病預防處理。要定期檢查水產種苗的健康狀況。

7、當有發生某種疾病的危險而不能通過其它管理技術進行控制，或國家法律有規定時，可為水生生物接種疫苗，但不允許使用轉基因疫苗。

二、繁殖

1、應尊重水生生物的生理和行為特點，減少對它們的干擾。提倡自然繁殖。限制采用人工授精和人工孵化等非自然繁殖方式。禁止使用三倍體、孤雌繁殖和基因工程等技術繁殖水生生物。

2、應盡量選擇適合當地條件、抗性強的的品種。如需引進水生生物，則在有條件時必須優先選擇來自有機生產體系的。