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大多數食用菌極易被綠霉所污染，污染后嚴重影響其外觀和質量，甚至造成蘑菇菌絲體或子實體生長不良或死亡。現將其防治方法簡談如下：
一、在生產中嚴防在接種箱或接種室施用過量甲醛，以免甲醛變成甲酸，形成酸性環境。培養室周圍應撒施石灰粉，發現有被綠霉污染的菌種，應及時挖除。
二、播后要及時檢查菌種塊，發現被綠霉污染，立即挖除并補上新種塊。
三、多雨年份或季節，要特別注意通風降濕，勤翻堆。堆垛面積和距離應適當加大，減少感染。
四、菌塊出現綠霉后應及時用40%多硫懸乳劑或50%多菌靈可濕性粉劑800倍液擦洗。
五、采菇時，除了做好消毒工作外，還應注意輕扯，以免菇根受傷害，從而加大病菌感染機會。
六、病菌孢子靠氣流傳播，采菇后，及時把死菇、老根挑除干凈，摧毀病菌的繁殖生長基地。
