這一階段胚軸（子葉以下的幼莖）最易徒長，形成長脖苗。為了限制胚軸徒長，促進子葉肥大，辣椒播種出齊后，馬上把氣溫降下來，白天22—25℃，夜間14—18℃。苗期猝倒病也會因為溫濕度適宜而發病，所以除了降溫，還要降低濕度。方法是待苗出齊后，在苗床上撒些細干土，可起到保墑、降濕的作用。在子苗期嚴禁澆大水，要盡量延長光照時間，促進秧苗健壯。

從第一片真葉頂心到3片真葉長出為小苗期。

小苗期地上部生長量不大，但根系發育較快，所以小苗期必需滿足根系發育的條件，盡量增加光照強度和延長光照時間，提高地溫。控制灌水，防止地溫下降。

3片真葉以后到定植為成苗期。

成苗期生長量逐漸加大，根系發育旺盛，花芽及側枝陸續分化，移苗緩苗后溫度要降下來。特別是降低夜溫有利于培育壯苗，提高花芽質量。成苗期的水分要充足。如果這個階段控水蹲苗，就會形成老化苗。成苗期要根據天氣情況適當灌水，灌水后放風、松土，如果營養不足（可觀察苗情），適當進行追肥。要盡量改善光照條件，經常保持薄膜清潔。此期的防風管理也非常重要，要經常輪換防風口，促進秧苗整齊一致，健壯生長。