應選擇皮厚、肉厚、質地致密、表皮青綠發亮、布滿蠟質、大小一致、無破損的晚熟大型品種的冬瓜。窖庫大小由所儲冬瓜數量而定，一般30平方米左右能儲5000公斤冬瓜。窖庫多為半地下室，窖室高3.6米，地上和地下部各高1.8米，四周設置庫窗，前后左右打開，便于通風換氣。冬瓜入庫前2～3天密閉窖庫，用高錳酸鉀熏蒸消毒。在庫底墊干草或草簾，上面擺放冬瓜，一般堆放不超過3層，以免壓傷損壞。根據冬瓜在田間生長時的狀態擺放，這樣可以使冬瓜保持原有的重力方向，瓜瓤不易裂傷，儲藏時間更長。冬瓜入窖初期加強通風，在中午氣溫高時打開窗戶通風換氣，以利于散熱降溫、排除濕氣，降低環境濕度，保持較內干燥。冬瓜儲藏期間，窖溫保持在10～15℃，相對濕度保持在70%～75%，以免發生凍害。一般可以儲藏3～5個月。