隨著氣溫逐漸下降，越冬棚室栽培的番茄面臨著低溫考驗。番茄是喜溫作物，在寒冷的環境里耐受程度是有限的。在冬季栽培番茄或育苗時，若遭遇低溫或霜凍會受到低溫寒害，棚室溫度長時間在5℃~10℃時葉片就會呈現暗綠色或水浸狀，氣溫持續徘徊在5℃時葉緣就會失綠。在突然遭遇霜凍等大溫差變化時 （溫度2℃以下），花青素增加使葉片顯示紫紅色并萎蔫枯死。長時間生存在5℃以下的低溫環境里，葉片會失綠，呈白化狀，嚴重時植株死亡。

越冬番茄凍害癥狀與番茄缺鎂癥狀非常容易混淆。缺鎂癥是因鎂元素的缺乏造成葉片退綠黃化。雖然低溫、氮磷肥過量會影響鎂元素的吸收，易出現缺鎂癥，但考慮到季節氣候，在氣溫較低的深冬，如果出現葉片退綠，很可能是低溫凍害。

除選擇耐寒抗低溫、弱光品種外，提高棚室保溫能力是預防凍害的主要措施。加厚土墻厚度，加大草氈密度，溫室內扣拱棚等措施進行提溫抗寒。若突遇霜寒，應采取臨時加溫措施，如鋪地熱線。藥劑防治可選用抗寒劑，可用3.4%碧護可濕性粉劑5000~7500倍液，或15升水加50克紅糖加0.3％的磷酸二氫鉀噴施。