對食品生產企業實行生產許可證制度，是從源頭上加強食品質量安全監督管理，保障人身安全健康的重大舉措，雖然有一些經驗可以借鑒，但也有大量的工作還需要在實踐中不斷探索。因此，在食品生產許可管理工作中，必須堅持國家質檢總局統一管理，合理確定各級質量技術監督部門的職責，充分發揮質量技術監督部門在頒發《食品生產許可證》工作中的職責分別如下：
    （1）國家質檢總局的主要職責：
    ①負責制定并公布《食品質量安全監督管理重點產品目錄》，制定并發布各類食品生產許可證實施細則等規范性文件；
    ②受理有特殊規定的食品生產加工企業提出的《食品生產許可證》的申請；
    ③負責統一印制《食品生產許可證》證書并加蓋質檢總局印章，頒發《食品生產許可證》。統一公告取得《食品生產許可證》企業名單和撤消《食品生產許可證》企業名單等有關信息。
    （2）各省、自治區、直轄市質量技術監督局的職責：
    ①組織實施受理《食品生產許可證》申請、審查申請取證企業的生產條件和《食品生產許可》的發放工作；
    ②組織、指導市（地）級局受理《食品生產許可證》申請、審查申請取證企業的生產條件等工作；
    ③負責匯總申請取證企業的材料，并將符合發證條件的企業名單及有關材料報國家質檢總局批準。
    （3）市（地）級質量技術監督部門的職責：
    受理《食品生產許可證》申請、組織審查申請取證企業的生產條件等工作，并將審查情況報省級質量監督部門匯總。
    （4）縣級質量技術監督部門的職責：
    在省級、市（地）級質量技術監督部門的組織下，承擔企業保證產品質量必備條件的調查工作，參與《食品生產許可證》申請取證企業生產條件審查等工作。