指存在于細胞質內，填充于核膜、網質體、高爾基體等液泡系統(tǒng)與線粒體、葉綠體等膜狀構造之間的連續(xù)性結構。在電子顯微鏡下呈無結構的部分，細胞質基質在細胞分區(qū)法方面，它是與除微粒體分區(qū)以外的上清分區(qū)相對應的部分，它含有各種可溶性蛋白質（例如構成微管的蛋白質的單量體）和酶（例如有關分解糖的各種酶）或核酸（例如轉移RNA）等。另外，一般認為細胞質或原生質的物理特性主要表現為這種細胞質基質的性質。
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