亦稱鞭毛類。主要是對有核、有葉綠體的單細胞藻類以鞭毛為特征所組成的植物界的一門。如果從體制的簡單和復雜的分類學觀點來進行分類，系歸屬于原生動物門，因此，只把其中具有葉綠體的一群作為藻類抽出來，劃分為鞭毛藻類。這樣不免帶有人為劃分的因素。雖說其分類地位人們的意見不同，但以前把這一門植物則多劃分為以下三部分：（1）鞭毛類：雖巳分化出外周包被，但體形易變，有收縮胞及1條至多條鞭毛〔如錐體蟲屬（Trypanosoma）、單鞭金藻屬（Chromulina）、裸藻屬（Euglena）等〕；（2）甲藻類（Dinoflagellata）：具有由2片至多片纖維素片組成的細胞壁，體上具有可生出2條鞭毛的特殊橫溝和縱溝〔如裸甲藻屬（Gymnodini-um）、多甲藻屬（Peridinium）等〕；（3）黃藻類（Xanthophyceae）：細胞壁含果膠質，運動細胞的頂端生有兩條不等長的鞭毛〔如氣球藻屬（Botrydi-um）、黃絲藻屬（Tribonema）等〕。自1931年A．Pascher提出建議后，人們已同意把重點放在細胞水平上的多種不同性狀來進行分類，即葉綠素、光合成產物、細胞壁組成和鞭毛結構等。以往對鞭毛藻類的劃分，把它們分成綱以下的分類單位：具有多細胞個體的類群；在有多細胞的各門中而停留在單細胞階段的類群以及沿其它途徑進化的類群。但是，為了便于從外形上描述，今天仍沿用“鞭毛藻”這個詞，就像仍然沿用藻類、菌類等術語一樣。